На счастье Болотова, император Петр III ознаменовал свое короткое царствование указом «О вольности дворянству», согласно которому дворяне освобождались от обязательной военной и государственной службы и им предоставлялось право избирать поле деятельности в соответствии со способностями и влечениями. Вспомнив об этом указе, Андрей решил добиваться отставки. Первое время он надеялся, что поможет Корф. Однако тот, только недавно получивший нагоняй от императора за самовольный перевод офицера из кирасирского полка, побоялся снова навлечь на себя «высочайший» гнев и решительно отказался ходатайствовать за отчисляемых из его штата офицеров.
Поиски других путей привели Болотова к его старому знакомому в военной коллегии М. А. Яковлеву. Тому понравился молодой офицер, который не прельстился карьерой и хочет уехать в глухую деревню, чтобы там заняться наукой. Яковлев обещал Болотову оказать поддержку и помог надлежащим образом оформить ходатайство в военную коллегию об отставке.
Хотя не так уж долго, по тем временам, продолжался процесс рассмотрения прошения молодого офицера, но тому в ожидании результатов казалось, что время тянется очень медленно: так хотелось ему оставить ненавистную службу. Когда особая комиссия военной коллегии удовлетворила просьбу Болотова, радости его не было пределов.
Распрощавшись с друзьями и знакомыми, с легким сердцем покинул Андрей Петербург, По пути он заехал к сестре Прасковье Тимофеевне в деревню Опанкино. Проведя там все лето, осенью 1762 г, Болотов вернулся в Дворяниново.
Двойственное чувство испытал Андрей Тимофеевич, обходя после долгого отсутствия свои владения. Ему было приятно оказаться в родных местах, где все было знакомо и так живо напоминало о веселых годах детства. В то же время он смотрел, воспринимал окружающее как взрослый человек, уже многое повидавший на свете и в своей стране и за рубежом.
Родной дом даже при жизни родителей Андрея не блистал роскошью и был скорее похож на большой крестьянский, а за годы отсутствия хозяина он и совсем обветшал. Сад без надлежащего ухода зарос сорными растениями, а яблони больше напоминали лесные дички. Многие пруды обмелели, а некоторые из них совсем высохли. Да и поля, хотя и называемые господскими, мало чем отличались от крестьянских: ни порядка, ни признаков хорошего урожая на них не было видно.
Крепко призадумался Андрей Тимофеевич; нужно было что-то предпринимать; не затем он возвращался в деревню, чтобы жить по старинке. Однако ограниченность ресурсов и материальных, и людских, не позволяла браться сразу за многое. И решил молодой хозяин начать -с дома, где ему нужно было жить и работать, и с садов, которые он надеялся превратить в один из источников дохода с имения,
В первую очередь Болотов взялся за приведение в порядок дома. Не мудрствуя лукаво, он велел убрать лишние внутренние стены и перегородки, увеличить размеры окон и прорубить новые. В результате в доме появились зал, столовая, спальня и кабинет-библиотека. Сделано это было все по плану самого Болотова и довольно быстро, поскольку не затрагивало главных частей дома: фундамента, капитальных стен, полов и потолка, крыши. Жить стало намного удобнее.
По-другому сложились дела с устройством сада. Не было еще у молодого хозяина достаточных знаний и опыта. А бившая ключом энергия и желание поскорее увидеть плоды своей деятельности сыграли тогда над Болотовым злую шутку: вместо хорошего сада он вырастил примерно такой же, какой был прежде, а может быть, даже и похуже. Этот печальный опыт заставил молодого хозяина по-иному взглянуть на дело. Взялся он основательно за книги, начал исследовать «натуру» с помощью внимательных наблюдений, экспериментов, вести регулярные записи в дневниках и журналах. Книги и занятия наукой избавляли Болотова от скуки, особенно осенью и зимой.
Хотя любимые дела и поглощали все время Андрея Тимофеевича, все же одиночество иногда давало о себе знать. А тут еще родичи и дворовые люди нет-нет, да и напоминали молодому барину, что ему пора обзавестись семьей. Вопрос о женитьбе встал всерьез. И летом 1764 года Андрей Тимофеевич женился на Александре Михайловне Кавериной, Было ей в ту пору 14 лет.
Случилось так, что в жене Болотов не нашел помощника в своих ученых делах. То ли по склонностям характера, то ли по юности, но не увлекали Александру Михайловну интересы мужа, не занимали ее и его ботанические исследования, работы в саду,
Но и на этот раз повезло молодому ученому: то, чего не нашел он в жене, с лихвой возместила ему теща - Мария Абрамовна Каверина, сразу же переселившаяся к зятю. Была она женщиной умной, достаточно образованной и сразу же стала помогать Андрею Тимофеевичу. Он писал об этом в своих воспоминаниях: «Я мог адресоваться к ней всегда и со всем, что ни относилось как до литературы и до наук, так и до художеств, а наконец - до самых садов и других частей сельского домоводства, и ожидать от ней желаемого одобрения, или, когда в чем надобно было, искреннего совета... Одним словом, был у меня человек, которому мог я все и все сообщать и который мог брать во всем относящемся до меня, и как в приятных, так и в самых неприятных вещах и происшествиях, живейшее и искреннейшее соучастие».
В начале 1766 г., случайно натолкнувшись на книгу «Труды Вольного экономического общества», Болотов установил заочную, но весьма тесную связь с этим обществом, основанным в 1765 г. в Петербурге, а затем вступил в его члены. Вскоре работы Болотова регулярно стали печататься в «Трудах». Особенно хорошие отношения установились у Андрея Тимофеевича с ученым секретарем «Общества» Андреем Андреевичем Нартовым.
Строго, размеренно текла жизнь Андрея Тимофеевича." весной, летом и ранней осенью - работа в полях, садах, наблюдения и эксперименты, поздней осенью и зимой - работа в кабинете, обработка полученного материала, чтение отечественной и иностранной литературы (с переводом наиболее интересных статей на русский язык), написание статей и книг.
Молва о любознательном и трудолюбивом тульском помещике разнеслась далеко за пределы губернии. Знакомые, а порой и незнакомые люди обращались к нему с запросами о ведении хозяйства, посылали семена новых растений. Эта известность сыграла важную роль в дальнейшей судьбе Болотова.
Императрица Екатерина II решила купить для себя Киясовскую волость (ныне Михневский район Московской области) и поручила князю С. В. Гагарину провести все необходимые работы, связанные с покупкой и дальнейшим управлением волостью. Последний обратился за советом в Вольное экономическое общество, и там А. А. Нартов порекомендовал ему А. Т. Болотова. После коротких переговоров Андрей Тимофеевич согласился съездить в Киясовку, обследовать волость и, если будет признана целесообразной ее покупка, принять управление ею. Все это было сделано, и летом 1774 г. Болотов был назначен управителем царской волости и вместе с семьей переехал в Киясовку.
Там он продолжил как свои разнообразные ботанические исследования, так и широкие опыты по земледелию и растениеводству. В частности, ему удалось заложить крупномасштабный опыт по замене трехпольной системы земледелия выгонной системой, о чем он думал уже давно, но никак не мог осуществить в своем имении из-за величайшей чересполосицы, существовавшей в те времена.
В 1776 г. Андрей Тимофеевич был назначен управителем Богородицкой, тоже царской, но еще более крупной волости. С. В. Гагарин, весьма интересовавшийся экспериментом с новой системой земледелия, поручил Болотову составить подробную инструкцию для нового управителя Киясовской волости, с тем чтобы тот мог продолжить опыт. Инструкцию-то Андрей Тимофеевич составил, но при передаче дел своему преемнику убедился в величайшей невежественности последнего и понял, что эксперимент обречен на неудачу. Так оно и случилось. Долго еще горевал Болотов о несбывшейся мечте, так как в Богородицке условия уже были другие, и повторить свой опыт с заменой трехпольной системы земледелия выгонной системой ему не удалось.
На новом месте Андрей Тимофеевич прожил 20 лет. Это, пожалуй, был самый плодотворный период его деятельности. Начальство Болотова не вмешивалось в хозяйственную и научную деятельность управителя, тем более, что по сравнению с предшественниками он обеспечил значительно большую доходность волости, а господскую усадьбу привел в такое состояние, что все приезжающие .сюда испытывали величайшее восхищение.
Не всё, конечно, в течение двадцатилетнего периода шло гладко и спокойно. Посещали семью болезни. Болел не только сам Болотов, но и особенно часто его жена и дети. Не обходила стороной дом Андрея Тимофеевича и «гостья с косой». Еще в Дворянинове выхватила она у него двух сыновей: двухлетнего Дмитрия в 1768 г. и пятилетнего Степана в 1773 г. В Богородицке дважды -проливала семья слезы по безвременно ушедшим из жизни детям - Александре в 1778 г. и Варваре в 1782 г. Обе жили только по году.
Случались и другие несчастья, например пожары. Однажды дотла сгорел дом управителя со всем его имуществом. Особенно горевал тогда Андрей Тимофеевич об утраченной библиотеке, а также о сгоревших дневниках и журналах.
Однако было и много хорошего. В Богородицк приехал Андрей Тимофеевич уже с четырьмя детьми. В Дворянинове родились Елизавета (1767 г.), Павел (1771 г.) и Анастасия (1773 г.). В Киясовке к ним прибавилась Ольга (1775 г.), а в Богородицке - Екатерина (1778 г.). Болотов любил детей, они были ему в радость.
А сколько приятных минут доставляли ему удачные эксперименты, когда его любимцы - растения в полях, в лесах и садах по-своему отвечали на поставленные им вопросы.
Ответов с каждым годом становилось все больше, Андрея Тимофеевича уже не удовлетворяла публикация статей в «Трудах» Вольного экономического общества, он мог написать значительно больше.
Болотов задумал издавать собственный журнал. Поиски возможных путей привели его в типографию Московского университета, которую в семидесятых годах XVIII века арендовал книготорговец Ридигер. С этим предприимчивым немцем и договорился Андрей Тимофеевич об издании журнала, которому было дано название «Сельский житель». Правда, совместная работа с Ридигером продолжалась недолго, всего две книги журнала вышло в 1778-1779 гг. Но зато какие это были книги. Только в первой книге были напечатаны статьи, каждая из которых содержала сведения об уникальных открытиях