В 1735 г. была построена крепость в устье реки Орь (позднее город Орск), а в 1742 г. — крепость в устье реки Сакмара (Оренбург)[74]. В 1730—1740-х гг. на Южном Урале в основном было завершено строительство Оренбургской оборонительной линии — мощной системы пограничных укреплений, включавшей в себя шесть оборонительных линий: Самарскую, Сакмарскую, Нижне- и Верхнеяицкую, Исетскую и Уйско-Тобольскую[75]. В 1744 г. был образован Оренбургский нерегулярный казачий корпус, который в 1748 г. по указу Военной коллегии Сената в целях обороны линии получил единое командование[76].Так началось создание Оренбургского казачьего войска. На линию были переселены уфимские, самарские, исетские и отчасти яицкие казаки, в связи с острой нехваткой людей для обороны границы в состав войска были включены малороссийские казаки и даже местные беглые крестьяне. В итоге было сформировано одно из крупнейших, как по площади территории, так и по численности населения, казачьих войск Российской империи. Оренбургские казаки принимали участие практически во всех вооружённых конфликтах России XIX в.: в Отечественной войне 1812 г. и заграничных походах 1813–1814 гг. (в составе четырёх казачьих полков), в подавлении польского восстания 1830 г., в Русско-турецких 1828—1829-го и 1877–1878 гг. и Крымской войнах, а также в покорении Туркестана.
В первой половине XIX в. правительство предприняло ряд мер по укреплению войска и увеличению его численности. В войсковое сословие в массовом порядке было зачислено всё население, проживавшее на войсковой территории, в войско также переселялись солдаты и малолетки, государственные крестьяне других губерний, татары, башкиры и мещеряки (по собственному желанию)[77]. В состав войска, в котором числилось 42 000 казаков, вошло 25 000 крестьян, около 10 000 отставных солдат и 1700 калмыков Ставропольского калмыцкого войска[78].
Одной из особенностей войска была тесная взаимосвязь в нём военного и гражданского управления. Положение об Оренбургском казачьем войске от 12 декабря 1840 г. разделило войско на два военных округа, в каждый из которых было включено по пять полковых округов. Полки имели две очереди: для службы на линии и для внешней службы. Помимо десяти полков могли формироваться сводные казачьи полки. Число выставляемых частей должно было увеличиваться по мере роста численности казачьего населения. Во главе всей войсковой администрации стоял войсковой Наказный атаман, подчинённый командиру Отдельного Оренбургского корпуса как главному начальнику войска[79]. Атаман являлся оренбургским гражданским губернатором, обладавшим в военном отношении правами начальника дивизии, а командир Корпуса являлся оренбургским военным губернатором. При атамане существовал штаб (Войсковое дежурство) во главе с начальником штаба — штаб-офицером или генералом, не принадлежавшим к войску. Войсковое дежурство являлось прежде всего органом военного управления, но также ведало хозяйственными и судебными вопросами, в административно-хозяйственном отношении оно действовало через окружные дежурства. В целом войско было преобразовано в практически полностью изолированный от внешнего воздействия орган, а выход из казачьего сословия был запрещён. К началу 1853 г. на действительной службе состояло 4673 казака. В укреплениях Оренбургской пограничной линии, по данным на 1857 г., несли службу 4829 оренбургских и 955 уральских казаков, 1062 солдата и 248 артиллеристов[80]. И хотя в этот период линия уже утрачивала своё военное значение, кордонная стража с неё была снята лишь в 1871 г.
Важным звеном в процессе реформирования системы войскового управления стала эпоха Великих реформ. Пересмотр положений о казачьих войсках начался ещё в конце 1850-х гг. В 1865 г. Оренбургское казачье войско было в административном, судебном и полицейском отношениях объединено с Оренбургской губернией, причём представители неказачьих сословий получили разрешение селиться на казачьих землях без причисления к казачеству[81]. Казаки составили часть губернского населения, что положило конец их обособленности. Должность Наказного атамана по традиции осталась объединённой с должностью гражданского губернатора. При атамане был создан новый орган — Войсковое хозяйственное правление, регулировавший хозяйственную деятельность войска, взаимодействуя непосредственно со станичными правлениями[82]. Высшим органом военного управления войска был Войсковой штаб. С упразднением Отдельного Оренбургского корпуса создавался Оренбургский военный округ во главе с командующим. В 1866 г. территория войска была разделена на три округа.
В 1867 г. последовала новая реформа, облегчившая воинскую повинность оренбургских казаков. Служилый состав войска был ограничен постоянным числом казаков, в результате чего появилась недопустимая ранее категория неслужилых казаков — тех, кто вообще не состоял на действительной службе. Власти планировали из таких казаков создать слой крепких хозяев, обложить их особым налогом в пользу служилой категории, а также направлять их на поддержание хозяйств тех, кто ушёл на действительную службу[83]. Нежизнеспособность подобного подхода выявилась в течение последующих нескольких лет, и уже в 1876 г. в войске был введён Устав о воинской повинности Донского казачьего войска от 29 апреля 1875 г., а также специально разработанное «Положение о военной службе казаков Оренбургского войска». Был сокращён общий срок службы казаков и срок отбывания ими действительной службы, казачьи части поставлены в одинаковые условия с регулярными войсками, отменена жеребьёвка при их комплектовании, прекращено зачисление в разряд неслужилых казаков. По итогам реформ войско по-прежнему осталось замкнутым сословием, хотя с 1869 г. выход из казачьего сословия был разрешён. Казачье население приобрело те же права, что и представители других сословий, но, как и раньше, должно было нести воинскую повинность в существенно большем размере.
В результате принятых мер к началу 1870-х гг. общая численность оренбургского войскового казачьего сословия составила 252.928 душ обоего пола, и войско стало крупнейшим по численности казачьего населения. В него почти полностью вошли Верхнеуральский и Троицкий уезды, а также часть Оренбургского, Орского и Челябинского уездов Оренбургской губернии. К началу ХХ в. управление войском регулировалось Положением об управлении военными отделами Оренбургского казачьего войска, Высочайше утверждённым 24 января 1884 г., и Положением об общественном управлении станиц казачьих войск 1891 г.
Как уже говорилось, делами по военному и гражданскому устройству всех казачьих войск ведало Главное управление казачьих войск. Казачьи офицеры из-за постоянной бюрократической волокиты в шутку называли этот орган «Главное затруднение казачьих войск»[84]. В 1910 г. функции управления были переданы Казачьему отделу Главного штаба. В военном отношении войско подчинялось командующему войсками Казанского военного округа. Непосредственно во главе войскового управления стоял Наказный атаман, должность которого совмещалась с должностью оренбургского губернатора. Атаман управлял войском по гражданской (административно-хозяйственной) части на правах губернатора через Войсковое хозяйственное правление, по военной части — на правах начальника дивизии через Войсковой штаб. В полицейском отношении население находилось в ведении общей губернской полиции. Войсковое хозяйственное правление включало общее присутствие и пять отделений: хозяйственное, поземельно-строительное, особое, межевое и лесное. В ведении Войскового хозяйственного правления находились все отрасли войскового хозяйства, а также непосредственное управление общими войсковыми капиталами. Особое отделение отвечало за общественное управление станиц. Не менее важным административным органом был Войсковой штаб, во главе которого стоял начальник в чине полковника или генерал-майора.
Следующим звеном войсковой административной системы являлись управления военных отделов и сами отделы: 1-й с центром в Оренбурге, 2-й с центром в Верхнеуральске и 3-й с центром в Троицке. Во главе каждого отдела стоял атаман в чине полковника или генерал-майора, непосредственно подчинявшийся Наказному атаману. Первый отдел был крупнейшим по числу станиц и численности казачьего населения, второй отдел превосходил остальные по территории, третий отдел — по общей численности как войскового, так и невойскового населения и по количеству населённых пунктов.
Атаман отдела должен был осуществлять военное управление, наблюдать за общественным управлением в станицах, в его ведении также было руководство станичными школами и общее управление станичными конно-плодовыми табунами. По военной части атаман отдела наблюдал за исправностью отбывания казаками воинской повинности, должен был следить за тем, чтобы все чины льготных частей, а также запасные состояли в установленной положением готовности к службе по всем предметам воинского снаряжения, а казаки старшего возраста приготовительного разряда приобретали бы необходимое для службы снаряжение в срок. Кроме того, атаман отдела заведовал всем не находившимся на действительной службе служилым составом казаков отдела и наблюдал за тем, чтобы они не уклонялись от службы во время лагерных сборов. Атаман также руководил учебными занятиями казаков, занимался формированием сменных команд первоочередных частей, инспектировал льготные команды тех же частей по возвращении их в войско.
В военное время атаман отдела формировал при мобилизации льготные части, выставляемые отделом, инспектировал мобилизованные части по возвращении их в войско. Атаманы отделов осуществляли надзор за общественным управлением в станицах и имели полномочия увольнять станичных и поселковых должностных лиц, за исключением станичных атаманов и почётных судей, за проступки. За маловажные проступки атаманы отделов имели право подвергать виновных выговорам, замечаниям или денежному взысканию до 5 руб. и аресту до семи дней. Несмотря на наличие штата помощников, атаманы отделов не справлялись с возложенными на них обязанностями.