Ко времени правления Бориса относится учреждение патриаршества (1589 г.), которое сравняло первосвятителя русской церкви со вселенскими восточными патриархами и дало ему первенство перед митрополитом киевским. Вместе с тем 4 архиепископии были возведены в достоинство митрополий: Новгородская, Казанская, Ростовская и Крутицкая; 6 епископов сделались архиепископами, и вновь явилось 8 епископств.
Другим важным событием внутренней истории России была отмена Борисом Юрьева дня, права свободного перехода крестьян от одного владельца к другому.
Из указа царя Василия Ивановича Шуйского узнаем, что «царь Феодор по наговору Бориса Годунова, не слушая совета старейших бояр, выход крестьян заказал». Указа о прикреплении не сохранилось, но он должен был относиться к первым годам царствования Фёдора, как видно из царского указа 1597 года. Целью прикрепления было обеспечить государственную службу помещиков и платёж повинностей, а это требовало необходимо твёрдой оседлости земледельческого класса. Прикрепление совершилось в интересах мелких служилых людей, которые при праве свободного перехода не могли выдерживать конкуренции с крупными светскими землевладельцами, а также с духовными (митрополит, архиереи, монастыри), которые привлекали крестьян на свои земли более льготными условиями. Указ о воспрещении перехода не позволяет, однако, считать Бориса основателем крепостного права, так как оно было создано укладом жизни, а не законодательным актом.
В 1591 г. совершилось событие, имевшее огромное влияние на судьбу Бориса: 15 мая в Угличе погиб царевич Димитрий, причём жители Углича перебили людей, заподозренных ими в убийстве царевича. Следствие, произведённое на месте особой комиссией, присланной из Москвы, выяснило, что царевич, страдавший падучей болезнью, был не убит, но, играя в тычку ножом, в припадке упал на нож и зарезался. Народная молва обвинила в убийстве Бориса. Насколько действительно Борис виноват в преждевременной смерти царевича, остаётся до сих пор тёмным. Обвинение же Бориса в убийстве основывается, главным образом, на соображении, что смерть Димитрия была в интересах Бориса: она не только спасала его от опалы в будущем, но и очищала дорогу к престолу, После углицкого происшествия клевета не раз чернила Бориса, обвиняя его в различных злодеяниях и нередко истолковывая лучшие действия его в дурную сторону. Вскоре после смерти Димитрия (в июне того же 1591 года) в Москве вспыхнул сильный пожар, истребивший весь Белый город. Борис старался оказать всевозможную помощь погорельцам, и вот пронёсся слух, что он нарочно велел зажечь Москву, чтобы милостями привлечь её жителей. Нашествие крымского хана Казы-Гирея под Москву летом 1591 г. приписывалось также Борису, который будто бы желал тем отвлечь внимание народа от смерти Димитрия. Не пощадили Бориса даже от обвинения в смерти царя Фёдора, беспотомственная кончина которого ставила Бориса, имевшего много врагов, в трагическое положение.
Борису оставалось одно из двух; или достижение престола, или падение, которое в лучшем случае привело бы его в монастырь. Не только ради честолюбия, но и ради самосохранения он избрал первое. По смерти Фёдора (7 января 1598 г.), последнего царя из династии Рюриковичей, все присягнули царице Ирине, чтоб избежать междуцарствия, но она, чуждая властолюбия, в девятый день по кончине супруга удалилась в московский Новодевичий монастырь, где и постриглась под именем Александры. За Ириной последовал в монастырь и брат. Управление государством переходит в руки патриарха и боярской думы, а правительственные грамоты издаются по указу царицы Ирины. Во главе правительства стал патриарх Иов, действиями которого руководила не просто преданность Борису, но глубокое убеждение, что Борис — человек наиболее достойный занять престол и что избрание его в цари обеспечит порядок и спокойствие, в государстве. В пользу избрания Бориса, кроме свойства с покойным царём, всего более говорило долголетнее пользование царской властью при Фёдоре, а царствование Фёдора рассматривалось современниками как царствование счастливое. Сверх того, долголетнее пользование верховной властью дало Борису и его родственникам громадные средства и связало с его интересами интересы всей тогдашней администрации Московского государства. С самого начала патриарх предлагает Бориса в цари и, сопровождаемый боярами, духовенством и народом, просит Бориса принять царство, но получает от него решительный отказ. Чтобы сломить упорство Бориса, созывается земский собор. 17 февраля выборные собрались к патриарху в числе свыше 450; большинство из них состояло из духовенства, покорного патриарху, и служилых людей, сторонников Бориса. После речи Иова, прославлявшей Бориса, земский собор единогласно постановил «бить челом Борису Феодоровичу и кроме него никого на государство не искать», 21 февраля, после многих упрашиваний, угрожаемый отлучением от церкви, Борис согласился исполнить просьбу земских людей. Эти неоднократные отказы со стороны Бориса объясняются сначала ожиданием избрания от земского собора, а затем русским обычаем, который требовал всякую почесть, даже простое угощение, не принимать по первому приглашению. 30 апреля Борис переехал из Новодевичьего монастыря в Кремль и поселился с семьёй в царском дворце. Слухи о нашествии крымцев заставили Бориса вскоре (2 мая) выступить из Москвы во главе огромного войска и остановиться в Серпухове, но вместо орды явились послы от хана с мирными предложениями. В стане под Серпуховом Борис угощал служилых людей пирами, одарял их, и они остались очень довольны новым царём, «чаяху и впредь себе от него такого жалованья». Из этого похода царь с торжеством вернулся в Москву, как бы после великой победы. 1 сентября, в день Нового года, Борис венчался на царство. Во время венчания, под влиянием радостного чувства, у осторожного, сдержанного Бориса вырвались слова, поразившие современников: «Отче великий патриарх Иов! Бог свидетель сему, никто же убо будет в моём царстии нищ, или беден!» Тряся за ворот сорочки, царь прибавил: «И сию последнюю разделю со всеми». Царское венчание, кроме пиров во дворце, угощений народа, пожалований в чины, сопровождалось необыкновенными милостями: служилым людям выдано двойное годовое жалованье, купцам дано право беспошлинной торговли на два года; земледельцы освобождены на год от податей; есть известие, что было определено, сколько крестьяне должны были работать на помещиков и платить им; вдовам и сиротам розданы деньги и съестные припасы; освобождены заключённые в темницах и получили вспоможение; иногородцы также были освобождены на год от податей.
Первые годы царствования Бориса были как бы продолжением царствования Фёдора Ивановича, что очень естественно, так как власть оставалась в тех же руках. Современники хвалят Бориса, говоря, что «он цвёл благолепием, видом и умом всех людей превзошёл; муж чудный и сладкоречивый, много устроил он в Русском государстве достохвальных' вещей, ненавидел мздоимство, старался искоренять разбои, воровство, корчемство, но не мог искоренить; был светлодушен и милостив и пищелюбив»!
В 1601 г. Борис снова разрешил переход крестьян во всей России, кроме Московского уезда, но лишь от мелких владельцев к мелким. Как человек умный, Борис сознавал отсталость русского народа в образовании сравнительно с народами Западной Европы, понимал пользу науки для государства. Есть известие, что Борис хотел завести в Москве высшую школу, где бы учили иностранцы, но встретил препятствие со стороны духовенства. Борис первый решился послать нескольких юношей учиться в Западную Европу: в Любек, Англию, Францию и. Австрию. Эта первая отправка русских учеников за границу была неудачна: всё они там и остались. Борис посылал в Любек приглашать в царскую службу врачей, рудознатцев, суконников и разных мастеров. Приезжавших в Москву немцев из Ливонии и Германии царь принимал весьма ласково, назначал им хорошее жалованье и награждал поместьями с крестьянами. Иностранные купцы пользовались покровительством Бориса. Из иноземцев, преимущественно из^ ливонских немцев, составился особый отряд царской гвардии. При Борисе состояло 6 иностранных медиков, получавших огромное вознаграждение. Немцам разрешено было построить в Москве лютеранскую церковь. Есть известие, что некоторые из русских, желая подражать по внешности иностранцам, стали брить бороды. Пристрастие Бориса к иностранцам возбуждало даже неудовольствие в русских людях.
Внешняя политика была ещё более мирной, чем при Фёдоре, так как Борис страшился какой-нибудь военной неудачей омрачить своё царствование, но эта самая робость мешала ему приобресть военную славу, которая бывает так полезна для основателей новых династий. От Грозного Борис наследовал мысль о необходимости присоединить Ливонию, чтобы, имея в руках гавани при Балтийском море, вступить в общение с народами Западной Европы. Открытая вражда между Польшей и Швецией давала возможность осуществить эту мечту, если б только действовать решительно, приняв сторону одного из враждующих государств. Но Борис хлопотал о присоединении Ливонии дипломатическими средствами и, конечно, ничего не достиг. Подражая Грозному, Борис думал сделать из Ливонии вассальное королевство и с этой целью (в 1599 г.) вызвал в Москву шведского принца Густава, сына сверженного шведского короля Эрика XIV, который изгнанником скитался по Европе. Вместе с тем царь думал женить Густава на своей дочери Ксении, но Густав своим легкомысленным поведением навлёк на себя гнев Бориса, был лишён Калуги, назначенной ему в удел до приобретения Ливонии, и был сослан в Углич.
У Бориса было сильное желание породниться с европейскими царствующими домами в видах возвышения собственного рода. Во время переговоров с Данией из-за русско-норвежской границы в Лапландии было заявлено желание царя иметь своим зятем датского королевича. В Дании это предложение было охотно принято, и принц Иоанн, брат короля Христиана IV, приехал в Москву, но вскоре по приезде опасно заболел и скончался (1602 г.), к великому горю Бориса и Ксении. В 1601 г. начались переговоры о браке Ксении с одним из герцогов шлезвигских, но были прерваны смертью Бориса. Царь искал жениха для дочери и невесты для сына также между единоверными владельцами Грузии.