Недостаток веротерпимости Лённрот наблюдал у приверженцев некоторых сектантских религиозных движений. В Финляндии среди лютеран это были так называемые пиетисты — разновидность раскола финской лютеранской церкви в XVIII—XIX вв. О пиетистах Лённрот высказался мимоходом уже в очерке 1828 г., а с православными раскольниками он вплотную познакомился позднее в деревнях и скитах Беломорской Карелии.
Упомянем еще о том, что в первую свою поездку Лённрот, будучи в Сортавале, навестил центр приладожского православия — Валаамский монастырь. Это было в начале июля 1828 г.. Он выехал туда на попутной весельной лодке вместе с двумя валаамскими монахами, и гребли они все втроем по очереди. Пребывание Лённрота на Валааме совпало с большим церковным праздником — Петровым днем — и приуроченными к нему особо пышными богослужениями. К празднествам из Петербурга на паруснике приехало множество гостей, преимущественно богатая публика. Лённрот с любопытством наблюдал и затем описал в очерке островной ландшафт, тип и расположение строений, купола храмов, их роскошное внутреннее убранство, красочность икон и блеск позолоты, яркость одежд священнослужителей и сверкание драгоценных камней в церковной утвари, равно как и в украшениях петербургских дам. Довольно подробно описана и монастырская трапеза, в которой участвовали все гости, в том числе Лённрот. Речь шла о завтраке за длинными столами, уставленными деревянными блюдами с простой, но разнообразной пищей. Ее приготовление было таким, что вся снедь, включая овощи и рыбу, подавалась измельченной, чтобы можно было обходиться одной деревянной ложкой, — вилок и ножей Лённрот не заметил. Из одного блюда ели по четыре человека, питье подавалось в больших жестяных кружках — по кружке на шесть человек. К еде приступали по звонку колокольчика, и колокольчиком же регулировалась смена блюд. Перед каждым новым кушаньем монахи крестились, в течение всего завтрака один из монахов, сидя за отдельным столиком в середине зала, читал подобающие тексты из священных книг. Такие подробности свидетельствуют о том, что Лённрот присутствовал на трапезе не только в качестве завтракавшего гостя, но и внимательного наблюдателя.
От глаз Лённрота не ускользнуло и то, с каким усердием молящиеся во время богослужений в храмах клали земные поклоны. Приезжие дамы в богатых нарядах падали ниц и целовали каменные плиты. Из всех женщин выделялась юная красавица, которая была, по-видимому, в сопровождении матери и молилась особенно страстно и коленопреклоненно, прижимаясь нежными устами к земному праху. Созерцая это, Лённрот мысленно задавал себе вопрос, что же могло предшествовать столь жаркой молитве в судьбе юного существа? За всем этим Лённрот наблюдал с нескрываемым интересом, почти растроганно — и в то же время не без некоторой внутренней оторопи и растерянности, не зная, как ему быть, как вести себя в православном храме. К земным поклонам лютеранин был непривычен, и в результате, по признанию Лённрота, он оставался стоять в одиночестве, чем привлекал к себе внимание окружающих.
Словом, посещение Валаама осталось у Лённрота в памяти, своими впечатлениями от поездки он делился также в письмах. Лённрот воочию увидел иную религию в ее культовых отправлениях, иную разновидность христианства в ее конкретном функционировании и ритуалах. И хотя Лённрот созерцал монастырскую жизнь — при всей его любознательности — несколько отстраненным взглядом (в письме к госпоже Тёрнгрен он, восторгаясь красотами Валаама, тем не менее добавлял, что под конец ему стало скучно и хотелось уехать), все же это был для молодого магистра весьма памятный урок православия. Своей яркой наглядностью и своеобразием этот урок побуждал к размышлениям. Ведь реформированная лютеранская церковь давно уже не знала ни монастырей, ни икон, ни великих постов, ни пышных ритуалов. Лённрот с молодых лет должен был усвоить — и он действительно усвоил — краеугольную для гуманистического сознания мысль о том, что религии бывают разные и что они исторически вправе быть разными. Без твердого усвоения этой кардинальной мысли невозможно было бы относиться и к языческому фольклорному наследию с должным уважением и пониманием.
В живой жизни исторически и этнически разные явления часто сосуществовали, и с этим ничего нельзя было поделать — это можно было только понять и принять. Лённрот относился к подобным разновременно-одновременным и сосуществующим явлениям не без облегчающего душу юмора. На Валааме в час положенного послеобеденного отдыха, предписанного монастырским распорядком, он решил вздремнуть на открытом воздухе в лесочке. По рассказам монахов, на острове водилось много змей, причем их запрещалось уничтожать на святой земле. Лённрот в очерке заметил по этому поводу, что ему змеи были не страшны — от их укусов его оберегал весь запас антизмеиных карельских заговоров и заклинаний.
Из своего первого фольклорного путешествия Лённрот возвратился в начале сентября 1828 г. в имение Лаукко к Тёрнгренам. А в конце октября того же года он отправился в Хельсинки учиться медицине. Необходимо было принять решение о будущей профессии, торопили обстоятельства. Лённрот был в долгах, ему и впредь еще предстояло учиться в долг. Зато будущая врачебная профессия сулила постоянный заработок, которого он был до сих пор лишен. К медицине его склоняли и профессор Тёрнгрен, и врач Сабелли, знакомый Лённроту еще по городу Хямеенлинна и иногда помогавший ему материально.
То, что Лённрот поступил на медицинский факультет после окончания философского, не было в ту пору исключением. Напротив, в тогдашнем университете это было почти нормой, многие врачи шли тем же путем: получали предварительное гуманитарное образование и только потом специализировались. Этим отчасти объясняется, почему у ряда финляндских врачей обнаруживались устойчивые гуманитарные наклонности. В качестве примера можно сослаться на С. Топелиуса-старшего, на друга Лённрота доктора Ф. Ю. Раббе, на университетского профессора-медика И. Вассера, лекции которого Лённрот слушал, но который в 1830 г. уехал в Швецию и участвовал там вместе с другим финляндским эмигрантом А. И. Арвидссоном в открытой полемике по вопросам будущего развития Финляндии.
В отличие от древнего Турку, имевшего свои традиции, новая столица Хельсинки, куда в 1827 г. был переведен университет, даже не успел еще стать настоящим городом. В нем преобладали разрозненные деревянные постройки, новые правительственные здания только закладывались. Большие неудобства испытывал университет, в особенности медицинский факультет.
Тем не менее учеба продвигалась, в декабре 1830 г. Лённрот получил степень кандидата медицины. В мае следующего года он сдал лиценциатские экзамены, а в июне защитил диссертацию по народной (магической) медицине и вскоре на официальных промоциях был удостоен степени доктора медицины.
Но фольклорно-филологические и гуманитарные увлечения остались. Уже летом 1831 г. Лённрот совершил свою вторую экспедиционную поездку, вновь намереваясь добраться до Беломорской Карелии и вновь не осуществив до конца своего намерения. На этот раз его как врача срочно отозвали в Хельсинки в связи со вспыхнувшей эпидемией холеры. Город он застал словно вымершим, было уже много больных, воздвигались холерные бараки, люди в страхе уезжали из города, университет был закрыт, всякие увеселения и сборища запрещены. Тогдашняя медицина еще недостаточно знала о холере, инструкции с современной точки зрения были ошибочными и даже опасными, лечение и профилактика были затруднены. Врачей не хватало, их приглашали извне, в том числе из Петербурга, где тоже бушевала холера. Больные не доверяли врачам и лекарствам, по Хельсинки ходили слухи о злонамеренных отравлениях, возникла угроза «холерных бунтов».
Все это Лённрот пережил на себе и работал не покладая рук. Он рассказывал, например, про случай, когда прописанное больному рвотное лекарство родственники сначала дали на пробу кошке, которая от чрезмерной порции не выжила, и лекарство было отвергнуто как отрава.
Сохранился рассказ и о другом случае, связанном с посещением холерной больницы финляндским генерал-губернатором графом А. А. Закревским, высшим должностным лицом края (впоследствии генерал-губернатором города Москвы). Лённрот был одет не по форме — врачам тогда полагалось нечто вроде мундира, которым он еще не успел обзавестись и потому ходил в своей обычной одежде и даже босиком, — дело было летом. При виде высокопоставленных посетителей Лённроту деваться было уже некуда, он решил изобразить из себя больного и прилег на койку, а сановник, пройдя мимо него, произнес свите: «Этот уже почернел, скоро помрет».
С наступлением зимы холерная эпидемия пошла на убыль, но урон был велик. Всего в Финляндии переболело тогда холерой 1258 человек, из них более половины погибло. Борьба с холерой стала для Лённрота первым серьезным испытанием на медицинском поприще. В тех условиях легко было заразиться и врачу, и в одном из писем Лённрот сообщал коллеге о своем сильном недомогании, подозревая холеру; но, к счастью, все обошлось после экстренного интенсивного лечения. Во время эпидемии Лённрот не нарушил клятву Гиппократа, с честью выполнил свой профессиональный долг. В числе других отличившихся медиков он был отмечен бриллиантовым перстнем от царского имени.
После борьбы с холерой и университетских промоций Лённрот в компании друзей, таких же новоиспеченных докторов медицины, отправился погостить в имение Лаукко у Тёрнгренов. Нужна была разрядка, и Лённрот писал с усмешкой, что «пару дней мы провели отнюдь не по предписаниям медицинской науки, хотя нас собралось целых семь докторов вместе со стариной Тёрнгреном».
Вслед за этим Лённрот совершил летом 1832 г. свою третью фольклорную поездку и на этот раз добрался-таки до Беломорской Карелии, хотя смог пробыть там недолго, поскольку получил извещение о назначении на врачебную должность. Еще до этого он питал надежду занять вакансию окружного врача в финляндской Карелии с местопребыванием в городе Йоэнсуу, но место было отдано другому. В конце сентября 1832 г. Лённрот был назначен помощником окружного врача в городе Оулу, где уже свирепствовала эпидемия брюшного тифа и дизентерии. А в январе 1833 г. его перевели на должность окружного врача в городе Каяни, центре более восточной провинции Кайнуу.