Успехи войск Калининского фронта имели важнейшие стратегические последствия и в значительной мере предопределили успех Ленинградского и Западного фронтов, намного облегчая их действия.
За успешное проведение Духовщинской операции я был награжден орденом Кутузова 1-й степени».
Двадцать третьего сентября советские войска перерезали железнодорожную и шоссейную дороги Смоленск – Рославль и полудугой охватили вражескую группировку в районе Смоленска. Развивая наступление, войска Калининского фронта освободили Смоленск, Невель, Рославль и вышли на оперативный простор: дорога в Прибалтику и Восточную Пруссию была открыта. Всего Калининский и Западный фронты сковали около 55 дивизий противника, чем способствовали успешному завершению контрнаступления Красной армии на Курской дуге.
В этой операции Еременко еще раз продемонстрировал свое умение малыми силами добиваться больших результатов. Позже ему удалось это и в Крыму, где Отдельная Приморская армия под его командованием совместно с 4-м Украинским фронтом во взаимодействии с Черноморским флотом и Азовской военной флотилией провела Крымскую операцию.
Одиннадцатого февраля 1944 года решением Ставки генерал армии Еременко был назначен командующим Отдельной Приморской армией. Это не было понижением, а, наоборот, очень ответственным назначением. Штаб армии располагался в станице Ахтанизовская Краснодарского края. Здесь произошла встреча Еременко с представителем Ставки маршалом Советского Союза К. Е. Ворошиловым, прибывшим сюда несколько ранее, а также бывшим командующим этой армией генерал-полковником И. Е. Петровым и начальником штаба армии генерал-майором П. М. Котовым-Легоньковым. Нового командующего ознакомили с расписанием войск и положением на фронте. В состав армии входили: 3-й горнострелковый, 11-й гвардейский стрелковый, 16-й и 20-й стрелковые корпуса и 4-я воздушная армия. Также командующему Отдельной Приморской армией в оперативном отношении подчинялась Азовская военная флотилия, которой командовал контр-адмирал С. Г. Горшков.
Перед вновь сформированной армией стаяла задача расширить Керченский плацдарм, переправить все свои силы на полуостров и провести подготовку наступательной операции с целью освобождения Крыма. В апреле и мае 1944 года соединения армии участвовали в Крымской операции. Замысел Ставки заключался в нанесении совместных ударов войск 4-го Украинского фронта генерала армии Ф. И. Толбухина с севера от Перекопа и Сиваша и Отдельной Приморской армии генерала армии А. И. Еременко с востока с плацдарма в районе Керчи. В начале операции войска Еременко должны были овладеть Ак-Монайскими позициями севернее Керчи. Это был последний укрепленный рубеж обороны немцев на Керченском полуострове.
Восьмого апреля 1944 года 4-й Украинский фронт перешел в наступление. В ночь на 11 апреля начала наступление Отдельная Приморская армия, развернувшая преследование противника по всему фронту. Утром 12 апреля войска Еременко освободили Керчь. Затем, прорвав оборону врага на Ак-Монайских позициях, на следующий день в районе Карасубазара они соединились с частями 4-го Украинского фронта. 13 апреля был освобожден Симферополь. В течение трех следующих дней части Отдельной Приморской армии по юго-восточному побережью Крыма продвигались к Севастополю, готовясь к штурму сильно укрепленного города. Освободив в кратчайший срок Южное побережье Крыма – почти 420 километров от Керчи до Севастополя, – Приморская армия спасла от разрушения его прекрасные здравницы. В ходе этих боев Андрей Иванович снова был ранен, но на этот раз легко.
Восемнадцатого апреля 1944 года А. И. Еременко был назначен командующим 2-м Прибалтийским фронтом. Возглавляемые им войска нанесли мощный удар на Идрицко-Режицком направлении и вышли на подступы городов Остров, Идрица, Пушкинские Горы. В июле 1944 года войска фронта успешно провели Режицко-Двинскую операцию, в ходе которой они продвинулись на запад на 200 километров. «За умелое руководство войсками и проявленные в боях с немецко-фашистскими захватчиками мужество и героизм» Указом Президиума Верховного Совета СССР от 29 июля 1944 года генералу армии А. И. Еременко присвоено звание Героя Советского Союза.
В августе 1944 года 2-й Прибалтийский фронт, развивая наступление вдоль северного берега реки Западная Двина, продвинулся еще на 60–70 километров, освободив крупный железнодорожный узел – латышский город Мадона. О том, какие трудности пришлось преодолевать войскам в ходе этого наступления, Еременко рассказал в своей статье, опубликованной во фронтовой газете «Суворовец» (№ 199; август 1944): «Наши воины стремительно двинулись вперед на Рижском направлении и преодолели известные своей непроходимостью Лубанские болота… Переход через Лубанские болота есть выдающийся воинский подвиг. На этой гнилой местности, протянувшейся на десятки километров, считалось невозможным вести боевые действия, тем более крупными соединениями. Однако войска фронта за десять дней прошли с боями Лубанскую низменность, сбивая врага с оборонительных рубежей, совершая тяжелые обходы по непролазным топям и сбрасывая врага с дорог. Наши герои-гвардейцы шли по наспех проложенным гатям, пробирались вперед по пояс, а то и по горло в болотной воде, перетаскивая на себе свое оружие, – и победили. Честь и слава бойцам и офицерам лубанского перехода. Его участники – бойцы и сержанты – не уронили престиж доблестного русского солдата, известного со времен Суворова тем, что для него нет непреодолимых преград. Участники перехода – офицеры – показали такое искусство маневра в сложнейших природных условиях, которым можно по достоинству гордиться. В Лубанах приумножена гвардейская слава!»
Пришло время сражений совершенно другого рода. Теперь это были бои по преследованию противника и от командующего требовалось провести анализ управления войсками, чтобы повысить эффективность наступательных действий и взаимодействия всех служб и родов войск. И вновь первое, на что обратил внимание Еременко, была работа разведки. Ее организация в период преследования противника является сложным и кропотливым делом, поэтому, несмотря на то что она находилась под неослабным контролем фронтового управления, не удалось полностью избавиться от некоторых недостатков, особенно в корпусном и дивизионном звене. Нередко нарушалась столь необходимая непрерывность в действиях разведки. Система огня противника на переднем крае и особенно в глубине подчас выявлялась не полностью, поэтому артиллерии приходилось иногда вести огонь не по целям, а по площадям, что приводило к большому расходу боеприпасов при снижении эффективности. Были случаи, когда отход противника обнаруживался слишком поздно. Командиры ряда частей и подразделений не проявляли достаточной инициативы по быстрому реагированию на изменение ситуации, когда от них требовалось осуществить в сжатые сроки смелый маневр. Также командиры явно недостаточно использовали для ведения боя темное время суток. Действия групп и подразделений в тылу противника были, к сожалению, не всегда достаточно успешными.
В ходе наступательных боев в июле имели место и другие недостатки в организации управления войсками: отмечались случаи смены штабами своих командных пунктов без разрешения вышестоящих начальников, причем на прежнем месте не оставлялось ответственного офицера, который мог бы постоянно отслеживать меняющуюся обстановку и информировать вышестоящий штаб. При продвижении дивизий вперед заблаговременное изучение районов расположения КП дивизий производилось не всегда, а связь запаздывала с развертыванием. Бывали также случаи утраты связи с подчиненными частями и вышестоящими штабами на два-три часа, что крайне затрудняло управление боем. Некоторые командиры дивизий выдвигались вперед, не взяв с собой радиостанцию, в результате чего не могли четко и оперативно руководить своим штабом и подчиненными частями.
Опыт июльских боев показал, что при преследовании противника важнейшее значение для всего хода наступательной операции имеет способность артиллерии к быстрому маневру огнем и к перемещению на местности и ее обеспеченность боеприпасами. Для успешных действий самоходных орудий важнейшее значение имеет выбор и подготовка огневых позиций. Рельеф местности и наличие значительного количества лесов и кустарников обеспечивали скрытность выхода самоходок на огневые позиции и их хорошую маскировку. В большинстве случаев огневые позиции выбирались на опушках леса или в кустарнике с таким расчетом, чтобы можно было наблюдать за действиями противника и своих частей. Командующий фронтом отмечал в этой связи бой 18 июля 999-го самоходного артиллерийского полка полковника Н. Ф. Кожемячко. Скрытно заняв свои огневые позиции, в течение двух часов полк огня не открывал, ведя в это время наблюдение за противником. В результате удалось «засечь» большинство вражеских огневых точек и в последующем уничтожить их.
Осенью 1944 года фронт, руководимый Еременко, принял участие в Рижской операции, которая являлась частью стратегической Прибалтийской операции. Целями, поставленными перед 2-м Прибалтийским фронтом, были разгром Рижской группировки противника, освобождение Риги и выход на побережье Рижского залива. При этом требовалось не допустить отход немецких войск в Восточную Пруссию. В состав 2-го Прибалтийского фронта входили 10-я гвардейская, 42, 22, 3-я ударная и 15-я воздушная армии. Противник оборудовал три мощные линии оборонительных укреплений и оказал ожесточенное сопротивление. Войска Еременко, ведя кровопролитные бои, продвинулись на 16 километров, освободив города Гостини и Эргли. 27 сентября наши соединения вышли к последнему, сильно укрепленному рубежу обороны немцев «Сигулда» в 60 километрах от Риги. Войска 3-го и 2-го Прибалтийских фронтов одновременно перешли в наступление и с ходу преодолели несколько оборонительных рубежей противника. 13 октября была освобождена столица Латвии Рига. Войска 2-го Прибалтийского фронта продолжили преследование противника и 22 октября своим правым крылом вышли к Тукумскому оборонительному рубежу, блокировав с суши основные силы групп армий «Север», заперев их на Курляндском полуострове. В этой операции Еременко успешно использовал возросшие ударные возможности армий, умело взаимодействуя с соседними фронтами. Рижская наступательная операция завершилась разгромом группы армий «Север» и полным освобождением от захватчиков территории Латвийской ССР.