Выступал против войны и Линкольн. В конгрессе, депутатом которого он являлся, Линкольн заявил, что «кровь, пролитая в этой войне, обличает Полка, подобно крови Авеля». Затяжная война в Мексике угрожала Полку не только серьезными внутренними, но и внешними осложнениями: Англия решительно выступала против территориальной экспансии США.
Президент Полк охотно пошел на сделку с предателем Санта-Анной, приказав американскому флоту, блокировавшему побережье со стороны Мексиканского залива, не чинить препятствий для его возвращения в Мексику из Гаваны.
В августе 1846 года либералам при содействии Санта-Анны удалось свергнуть Паредеса и захватить власть. Вскоре состоялись выборы в конгресс, который избрал президентом Санта-Анну, а вице-президентом — Гомеса Фариаса. Санта-Анна возглавил армию, заверяя население, что не только приостановит продвижение американских войск к столице, но и изгонит их из пределов страны, освободит Техас и чуть ли не завоюет Вашингтон.
В Оахаке с падением диктатуры Паредеса власть перешла к триумвирату в составе генерала Диаса — участника войны за независимость, Артеаги — сторонника Санта-Анны — и Хуареса, представлявшего левое крыло либералов. Некоторое время спустя временным губернатором штата Оахака был назначен Артеага, а исполняющим обязанности председателя верховного суда штата — Хуарес. На состоявшихся в том же году выборах в национальный конгресс левые либералы одержали победу, Хуарес был избран депутатом от Оахаки.
В декабре 1846 года Хуарес впервые прибывает в Мехико, где активно включается в работу конгресса.
Положение республики в то время было катастрофическим. Пользуясь предательством главнокомандующего мексиканской армии Санта-Анны, американцы одерживали одну победу за другой и медленно, но неуклонно приближались к столице. Правительство во главе с Гомесом Фариасом создало для борьбы с захватчиками народное ополчение — Национальную гвардию, однако во главе ее оказались сынки аристократов и богатеев, прозванных в народе «полькос» из-за их увлечения танцами, в особенности модной тогда в Мексике полькой.
Полькос, увешанные иконками — эскапуляриос и крестами, воинственные патриоты на словах, на деле и не помышляли сражаться с американцами. Они прожигали жизнь в столице, устраивая дебоши и понося «нечестивых» либералов.
Защита страны от американских агрессоров требовала все больших и больших расходов, но казна, как обычно, была пуста. Помещики и церковники, располагавшие огромными средствами, не несли никакого бремени по защите родины, они даже отказывались платить налоги. Гомес Фариас был вынужден на одну четверть сократить жалованье чиновников. Он обратился к спекулянтам — в Мексике их называли ажиотистами — за займом, но те потребовали соответствующих гарантий обеспечения. Дать такое обеспечение правительство попросило церковь, в «мертвых руках» которой находились поместья и недвижимое имущество стоимостью в сотни миллионов песо. Церковь, оказывавшая в период войны за независимость не только моральную, но и существенную материальную помощь испанским колонизаторам, категорически отказалась гарантировать правительственный заем и тем более предоставить его сама.
Напрасно власти взывали к патриотизму церковников, напоминая, что победа американцев-протестантов гибельно скажется на интересах католической религии в Мексике. Духовенство оставалось глухим к такого рода призывам. Привыкнув служить колонизаторам и люто ненавидя идею независимости, которая подорвала ее влияние на массы, духовенство явно симпатизировало американским захватчикам, встречая их повсеместно колокольным звоном.
Убедившись, что просьбами и призывами к патриотической сознательности у церковников не заполучить ни гроша, Гомес Фариас вновь предложил конгрессу конфисковать церковную собственность на сумму в 15 миллионов песо и использовать ее на нужды обороны. Хуарес и другие пурос энергично поддержали это предложение, и конгресс его одобрил, однако осуществить конфискацию и на этот раз не удалось. Церковники и прочие предательские элементы в ответ подняли очередной мятеж во главе с полькос.
Гомес Фариас смог при поддержке населения нанести поражение мятежникам, когда в столицу явился с лаврами победителя Санта-Анна. Незадолго до этого его войска неожиданно для него самого в сражении при Ангостуре отбросили американские части, взяв пленных, знамена и другие трофеи. Такой исход сражения не входил в расчеты ни американцев, ни их агента и невольного победителя Санта-Анны. Последний «великодушно» отказался от плодов победы, отпустил 400 пленных американских солдат и, вместо того чтобы продолжать наступление, повернулся к врагу спиной.
Когда сведения о мятеже полькос дошли до Санта-Анны, он бросил на произвол судьбы своих солдат и поспешил в столицу «спасать родину». Здесь, используя симпатии населения, приветствовавшего в его лице победителя американцев, Санта-Анна возглавил мятежников, отстранил Гомеса Фариаса от власти и изгнал его из страны. Вслед за тем Санта-Анна отменил закон о продаже церковного имущества. Сделал это он не бескорыстно. Церковники в знак благодарности преподнесли своему спасителю королевский подарок — 2 миллиона песо наличными. Санта-Анне, несомненно, везло. В его услугах нуждались американцы и местные реакционеры, причем и те и другие готовы были щедро за них платить.
С падением Гомеса Фариаса в Мексике вновь начались гонения на левых либералов. Хуареса и его единомышленников изгнали из конгресса. Реакционеры во главе с предателем Санта-Анной делали все возможное, чтобы открыть дорогу американским войскам в столицу. По приказу Санта-Анны был без боя сдан американцам порт Тампико. В марте 1847 года американцы после жестоких боев захватили Веракрус, откуда предприняли наступление на столицу Мексики. По дороге при Серро-Гордо американцы нанесли тяжелое поражение мексиканской армии, брошенной на произвол судьбы все тем же Санта-Анной. Почти вся мексиканская артиллерия попала в руки американцев. В мае американцы заняли Пуэблу, важный центр на полпути к столице, где церковники встретили их как избавителей от «тирании» либералов благодарственными молебнами.
Мстя мексиканским патриотам, оказывавшим вопреки предательству Санта-Анны и церковников ожесточенное сопротивление агрессору, американские войска совершали чудовищные жестокости, грабили и насиловали гражданское население. Американский офицер Отто Циркель, участник этого похода, в своем дневнике, выдержки из которого опубликовал в 1851 году журнал «Отечественные записки», так описывает поведение захватчиков, вступивших в город Хуамантлю: «Пехота, артиллерия, кавалерия — все с остервенением бросились в дома; после тяжелых дней марша, трудов и лишений солдаты уже не знали никакой меры. Напившись допьяна, они начали разбойничать; множество невинных жертв было поднято на штыки. В отвратительных оргиях и зверском буйстве застала их ночь; медленно, поодиночке собирались всю эту ночь усталые и обремененные добычею солдаты к своим бивакам, и до самого утра вокруг бивачных огней не умолкали рассказы о совершенных преступлениях. С рассветом следующего дня начали приходить на бивак остальные солдаты со множеством одежды, шалей, кусков материи, домашнею утварью, лошадьми, ослами и проч. и проч., по всему лагерю открылся рынок, мена, брань и драки».
В июне Санта-Анна предложил командующему американской армией Скотту за 1 миллион долларов заключить перемирие, потребовав в качестве аванса 10 тысяч долларов. Скотт — его К. Маркс в одном из писем Ф. Энгельсу называет совершенно заурядным негодяем — выслал 10 тысяч долларов предателю, который обязался во время перемирия снабжать войска противника продовольствием. Скотт использовал перемирие для реорганизации своих сил. 8 сентября он возобновил военные действия и двинул свою армию на штурм Мехико. Американцам потребовалась целая неделя, чтобы преодолеть героическое сопротивление мексиканцев, защищавших свою столицу. Бессмертный подвиг совершили шесть юношей — курсантов военной школы, оборонявших дворец Чапультепек. Расстреляв все патроны, шесть героев предпочли смерть позорному плену: они погибли, бросившись в пропасть…
14 сентября 1847 года американские войска вступили в Мехико, покинутый его защитниками.
Вот как описывает это событие и поведение захватчиков в столице в своих воспоминаниях друг Хуареса, мексиканский поэт и патриот Гильермо Прието: «Эти дьяволы с огненными, почти красного цвета волосами, с опухшими от пьянства лицами, с носами словно раскаленные уголья шли как стадо — бежали, толкали друг друга, как попало несли ружья. За войсками двигались повозки, напоминавшие галеры на колесах, с крытым парусиной верхом, битком набитые припасами и пьяными маркитантками, являвшими собой самое отвратительное зрелище в мире.
Камни и кирпичи дождем сыпались с крыш на оккупантов… Считают, что число безоружных и неорганизованных людей, яростно бросавшихся на борьбу с захватчиками, достигало 15 тысяч.
Янки бродили по городу, точно стаи хищников. Они стреляли куда попало и по первой прихоти.
Едят они очень странно. Варят груши в кофе, намазывают на ломти арбуза масло, смешивают вместе помидоры, зерна маиса и мед, жуют и чавкают, словно животные.
Когда церкви открывались, янки заходили туда, не снимая с головы шляпы, выбирая по преимуществу исповедальни, и дрыхли как сурки…
Эти янки оккупировали Мексику как завоеванную страну, как поселок дикарей, они едят и отправляют естественные надобности прямо на улицах, превращенных ими в конюшни, и подкладывают фугасы под внутренние стены Национального дворца и стены храмов…
Но есть одна вещь, которая приводит меня прямо-таки в бешенство, — телесные наказания. 8 ноября состоялась экзекуция… Улицы, выходящие на площадь Монтерилья-Платерос, были перекрыты войсками численностью около тысячи пятисот человек… В центре площади поставили три железных столба высотой около трех вар[5] с перекладинами, так что получилось три креста. К ним привязали приговоренных к наказанию людей, раздетых до пояса; ноги их касались земли, а руки были привязаны к перекладине, как у распятых. Удары яростно наносил палач геркулесовского сложения.