Анализируя революционные события 1905 г. и роль в них евреев и еврейских партий, Дубнов доказывал, что «известное подчинение окружающим элементам проявилось в большинстве случаев во всех достижениях — проявилось и в том революционном движении, которое происходит теперь на наших глазах. Не говорю уже о тех, которые примкнули к революционным партиям, [...] даже Бунд написал на своем знамени как бы еврейский девиз; даже эта партия, в сущности, не есть еврейская национальная партия [...]».
Дубнов утверждал, что деятельность еврейских революционных партий «противоречит еврейской истории»: «Кто стоит на точке зрения национальной — не может вести классовую политику; он не может поставить в основание классовый принцип. Раз он выступает только от одной части народа и отрицает совершенно интересы другой части народа, этим самым он разрушает единство народа». Дубнов потребовал от съезда поставить в центр обсуждения проблему участия евреев в общероссийском революционном движении и политики классового антагонизма, проводимой Бундом, и сформулировать единую позицию по этим вопросам. Но его поддержали только присутствовавшие на съезде сионисты М. Усышкин и В. Жаботинский. Даже председательствовавший на заседаниях лидер Партии конституционных демократов (кадетов) М. Винавер выступил в защиту Бунда. Традиционное преклонение либералов-интеллигентов перед революционерами-практиками, вставшими на борьбу с оружием в руках, совмещалось в его речи с упованиями на прочность гуманитарных ценностей народов России и общую готовность страны к демократии.
Не встретив поддержки на съезде, Дубнов, вновь взяв слово, пророчески говорил: «Создать политический союз из всех партий невозможно [...] разлад пойдет по линии революционные партии и оппозиционные партии. Люди, которые соткали классовую борьбу со всем, что им свято и дорого, не могут участвовать в организации, которая поставила на своем знамени национальное объединение». Исходя из этого, он предложил «[...] цстать на конституционно-демократическую точку зрения, но не делаться партией». По его мнению: «[...] на этой платформе сойдутся все те, которые, по крайней мере в настоящий момент, стоят под этим знаменем [...] Мы должны реорганизовать наш союз. Этот союз охватывает далеко не все интересы еврейского народа; он имеет только целью организовать политическую борьбу сообразно с тем принципом, который начертали на его знамени [...]». В развитие своих идей он внес еще одно концептуальное дополнение, заявив о необходимости создать одновременно две организации: «Политический союз, для политической борьбы за наше равноправие и внутренний общееврейский союз, в котором будут представлены все элементы нашего народа». Основанием внутреннего союза он видел «национальную общину, сменившую религиозную общину».
На втором съезде Союза Дубнов и его единомышленники сформулировали и успешно провели резолюцию о подготовке к созыву Еврейского Национального собрания, на котором планировалось выработать основные требования еврейского народа накануне открытия Государственной думы.
В политических выступлениях на съезде Дубнов оставался ученым, опирался на свои знания хода мировой истории. Так, он расценивал заявления своих оппонентов из всевозможных революционных социалистических партий о скорой победе их идей в России как «[...] следствие политического замешательства» и говорил о том, что они отбрасывают вековой опыт общественных движений в странах Западной Европы и «[...] смотрят через головы многих поколений, хотят перескочить через все исторические барьеры и не признают исторические законы». На втором съезде, как и на первом, Дубнов вновь был избран в Центральное Бюро Союза.
Спустя три месяца, в феврале 1906 г., состоялся третий съезд Союза. На нем обсуждались проблемы парламентской деятельности. Дубнов в категорической форме требовал не отказываться от участия в выборах в Государственную думу, как это предлагали левые организации, включая Бунд. Ближайшего союзника он видел в Партии конституционных демократов (кадеты).
Дубнов настаивал на выработке съездом некоего «кодекса поведения» для кандидатов в Государственную думу, идущих на выборы от Союза. Предполагалось, что кандидаты-евреи обязаны: «1) Признавать платформу Союза; 2) Образовать национальную парламентскую фракцию. Неевреи, поддерживаемые на выборах Союзом должны: 1) выразить согласие на проведение «полноправия». 2) признать это неотложной задачей и добиваться включения требований полноправия евреев в первые статьи основных законов». Евреям, прошедшим в Государственную думу, надлежало сформировать национальную группу и «выступать коллегиально исключительно по вопросам, касающимся еврейской жизни. Лишь в этой сфере депутаты должны подчиняться дисциплине своей группы. По остальным вопросам каждый свободен примыкать к разным партиям. Недопустимо одно: чтобы еврейские депутаты входили в какую-либо постороннюю национальную группу».
Предложения Дубнова вызвали негодование со стороны представителей левых сил. Историка обвинили в том, что он и его сторонники «заразились язвой национализма» и превратились, по аналогии с черносотенцами, в неких «истинно-еврейских людей». Поддержали Дубнова в этом вопросе, в основном, сионисты. Совместно с В. Жаботинским и Д. Бруцкисом Дубнов предложил съезду принять специальную резолюцию о создании в Думе еврейской национальной группы, но большинство делегатов отвергло и этот проект. Прошла резолюция, предложенная известным публицистом, юристом и политиком, одним из основателей Социалистической еврейской рабочей партии М. Ратнером, которая не требовала создания собственной национальной группы, а лишь рекомендовала депутатам эпизодически собираться «для обсуждения вопросов, касающихся евреев». Несмотря на то, что большинство высказанных на этом съезде предложений Дубнова были отвергнуты, при выборах в Центральное бюро Союза он получил 30 голосов (из 44) и стал третьим, вслед за М. Винавером и Г. Слиозбергом.
В 1906 г., создавая программу Еврейской народной партии («Volkspartei»), Дубнов еще оставался в рамках, обозначенных «Союзом для достижения полноправия евреев в России». Рассматривая Союз исключительно как внепартийное объединение, прокламирующее общую борьбу народа за политические, гражданские и национальные права, он видел в его программе идеи, созвучные требованиям, как сионистов, так и части национально настроенных сторонников социалистических партий. Объединительным фактором являлась выработанная им теория национально-культурной автономии. Выступая на третьем съезде Союза, он настаивал на создании параллельных структур: национально-политической и национально-культурной. Первая была призвана создать Всероссийское еврейское национальное собрание на основе всеобщего и равного избирательного права для определения форм национального самоопределения, а вторая, опираясь на автономию — общинные организации, приступить к решению национально-культурных задач.
Отстаивая политическую самостоятельность «еврейской революции», Дубнов резко полемизировал со своими идейными противниками. Создавая Еврейскую народную партию, он признавал ближайшим ее союзником в общероссийском политическом лагере Партию конституционных демократов. Но при этом постоянно напоминал о необходимости сохранения «суверенитета». Он предлагал «бороться рядом с русскими «кадетами» [...] как особый легион, под своим национальным знаменем — за основы демократической конституции, без которой нет гарантий равноправия».
В 1910 г., умудренный горьким опытом политического общения с лидерами ряда общероссийских демократических и либеральных партий и организаций, Дубнов в работе Национальные стремления евреев в России, наряду с рассмотрением основных теоретических положений еврейских политических объединений (сионистов, Еврейской демократической группы, сионистов-социалистов, «Поалей-циона», Бунда, сеймовцев), подверг критическому анализу отношение к национальным требованиям евреев со стороны таких партий, как «Союз 17 октября» (октябристы), Конституционные демократы, «Трудовая группа», Партия социалистов-революционеров, Российская социал-демократическая партия. Выводы были пессимистичны: во всех этих партиях господствовали, в большей или меньшей степени, ассимиляционные настроения.
Поражение общероссийского освободительного и еврейского национального движений в ходе революции 1905-1907 гг. выразилось не только в ограничении конституционных свобод, череде погромов, усилении антиеврейской государственной политики, но и дальнейшей поляризации политических сил: от безудержного левого экстремизма до нарастания ассимиляционных процессов. Судьба миллионов евреев в России оказалась в полной зависимости от тактической конъюнктуры политического момента.
В этих условиях С. Дубнов на некоторое время отошел от непосредственной политической борьбы. В годы Первой мировой войны, когда положение еврейского населения значительно осложнилось, он присоединился к тем евреям — политическим деятелям, которые создали специальные структуры для выработки общенациональной позиции и поисков выхода из сложившегося положения. Свои взгляды на национальную тактику в новых условиях войны Дубнов изложил в сериях статей Inter аrmа и De profundis. В них он, полемизируя со сторонниками отказа от национальных требований в угоду пресловутому общероссийскому единству, доказывал необходимость и в этой ситуации прежде всего защищать интересы своего народа. В этот период Дубнов участвовал в работе так называемых «Политического Бюро» и «Политического совещания».
Новый этап активной политической деятельности наступил для Дубнова сразу же после свержения монархии. Ликвидация антиеврейского законодательства, стремительные демократические преобразования вновь заставили ученого окунуться в водоворот политической борьбы. Он вспоминал: «Начались совещания по реорганизации «Фолкспартей» и подготовка всероссийского еврейского съезда с программой национального учредительного собрания». Однако дальнейшие события разочаровали его. Обострились разногласия между различными еврейскими политическими партиями. Дубнов принадлежал к скромной по численности политической организации, но обладал огромным авторитетом как историк и публицист. Многие газеты и журналы приглашали его высказать свою точку зрения. Несколько раз он участвовал и в массовых митингах. Так, 8 июня 1917 г. на митинге, где кроме него участвовали и такие видные деятели, как М. Винавер и Г. Слиозберг, Дубнов подверг резкой критике участие евреев в левых политических партиях, от всякого рода анархистов до большевиков. Он говорил о таких деятелях: «Они выступают под русскими псевдонимами, стыдясь своего еврейского происхождения, но скорее псевдонимами являются их еврейские имена: в нашем народе они корней не имеют [...]».