Василий Шуйский стремился доказать законность своего занятия царского престола. В рассылаемых по стране грамотах он обосновывал свое воцарение тем, что он из рода Рюриковичей и избран всеми людьми Московского государства на Земском соборе, хотя прекрасно знал, что таковой не созывался. Однако многие люди восприняли царя В. Шуйского как узурпатора власти, а его воцарение как «измену». Новому царю было противопоставлено имя снова чудесно спасшегося царевича Дмитрия. Все, кто был недоволен его правлением, объединились в борьбе против «изменников-бояр» за законные права царевича.
При Василии Шуйском правили в основном царские любимцы. Участники событий мая 1606 г. (в основном бояре) получили земли и крестьян. Крестьяне и посадские люди не получили облегчения своего положения. Наоборот, увеличились налоги, повинности, барщина. В ответ на это усилилось бегство крестьян и холопов. Районы Северской «украины» стали местом, куда стекались все недовольные В. Шуйским и «изменниками-боярами», окружавшими его. К ним относились не только крестьяне, холопы, посадские люди, служилые люди по прибору, но и провинциальное дворянство южных уездов. Активно против Шуйского была настроена корпорация рязанских дворян во главе с Ляпуновыми и Сумбуловыми. Их поддержали дворяне веневской корпорации во главе с Истомой Пашковым, а также воевода Путивля князь Г. Шаховской и воевода Чернигова князь А. Телятевский.
Рост протеста против правителей страны привел к восстанию под руководством боевого холопа князя А. Телятевского Ивана Болотникова, начавшемуся в Северской земле, в районе Путивля в 1606 г. Болотников обратился к населению с призывом выступить в защиту царя Дмитрия, обещая всем, кто пойдет с ним, богатства и почести. Под знамена Болотникова собрались крестьяне, холопы, посадские люди, казаки, стрельцы, народы Поволжья. В сентябре 1606 г. к нему присоединились отряды рязанских дворян во главе с Прокопием Ляпуновым, а в начале октября к Болотникову пришел отряд дворян, предводительствуемых Истомой Пашковым. Но в конце ноября 1606 г., убоявшись необузданности восставших и проклятий в их адрес патриарха Гермогена, дворянские отряды перешли на сторону В. Шуйского.
Болотников, как «большой воевода царя Дмитрия», рассылал по России своих гонцов с «прелестными листами», где звал крестьян и холопов уничтожать бояр и дворян, отбирать у них вотчины и поместья. 70 русских городов поддержали восстание. На северо-западе восстали тверичи, псковичи, новгородцы, восстание вспыхнуло в Астрахани, на Тереке.
В августе 1606 г. Болотников выступил из Путивля. В начале восстания поддержку ему оказал воевода Путивля князь Шаховской. Восставшие разбили правительственный отряд князя Трубецкого и начали движение на Москву. Далее они одержали победу под Кромами. В сентябре 1606 г. в устье реки Угры восставшие вновь разбили правительственные войска. Тогда же пал Серпухов, а 7 октября Болотников со стотысячным войском подошел к Москве. Восставшие осадили город, разбив свой лагерь в селе Коломенском. Во время осады Москвы дворянские отряды ушли от Болотникова, ослабив тем самым силы восставших. Известный полководец М. В. Скопин-Шуйский привел к Москве отборные войска и 2 декабря 1606 г. под деревней Котлы нанес поражение Болотникову. Повстанцы отступили к Калуге. На помощь им к Калуге двигался отряд еще одного самозванца – терского казака Ильи Горчакова (Илейка Муромец), выдававшего себя за несуществующего сына царя Федора – Петра Федоровича. В мае 1607 г. на реке Пчельня он разгромил царские войска, дав Болотникову возможность укрыться в Туле. Там восставшие были осаждены правительственными войсками.
Правительство Шуйского принимало меры для подавления восстания. Перебежчики из лагеря восставших освобождались от крепостной зависимости. Для консолидации землевладельцев центра в 1607 г. был издан указ о пятнадцатилетнем сроке сыска беглых крестьян.
Болотников 4 месяца держался в Туле. Шуйскому даже не помогла устроенная плотина на реке Упе, которая позволила затопить город. Тогда он пообещал сохранить жизнь восставшим, если они сложат оружие. 10 октября 1607 г. ворота Тулы были открыты, но Шуйский не сдержал своего слова, и началась жестокая расправа с восставшими. По одним сведениям, Болотников сдался в плен, по другим – он был выдан своими сторонниками. В. Шуйский отправил его на север в г. Каргополь, где Болотникова ослепили и утопили в проруби.
Народные восстания продолжались и после движения Болотникова вплоть до 1615 г. В советской исторической науке в отношении восстания Болотникова имелись две точки зрения. Одни исследователи считали, что это восстание было апогеем первой в России крестьянской войны, которая проходила в стране первые полтора десятка лет начала XVII в. Другие исследователи полагали, что только восстание Болотникова следует рассматривать как крестьянскую войну в России в начале XVII в.
На современном этапе восстание Болотникова рассматривается рядом исследователей как продолжение гражданской войны, развернувшейся в России в начале XVII в. Вряд ли правомерно говорить как о крестьянской войне, так и о гражданской войне в России начала XVII в. Восстание Болотникова вряд ли можно считать полномасштабной крестьянской войной, хотя участие крестьян придавало ему некоторые черты крестьянской войны. Различные социальные слои, участвовавшие в движении, преследовали свои цели и хотели их добиться. Руководители же движения не могли подняться до того, чтобы сформулировать лозунги общерусского движения, которые бы удовлетворяли и отражали интересы всех его участников. Столь же неправомерно говорить и о гражданской войне в России в начале XVII в., так как в это время отсутствовали четкие грани социального и политического противостояния из-за незавершенности становления сословий. В эпоху Смуты не стоял вопрос об уничтожении существовавшей общественно-экономической системы.
Ни Смута, ни крестьянские войны в России не могут быть названы гражданскими войнами, потому что для этого явления характерно стремление эксплуатируемого класса свергнуть и уничтожить эксплуататорский класс, экономические и политические условия его существования и господства. В гражданской войне ставится вопрос о власти, о ликвидации всей существующей общественно-экономической системы.
Смута и крестьянские войны в России были экономической и политической борьбой различных социальных слоев против той политики, которую проводило государство. В ходе их были элементы отрицания некоторых господствовавших порядков, но никогда не создавалось цельной программы борьбы за переход к иной общественно-политической системе.
Более того, Смута упрочила в России монархический строй, в коем русские люди видели символ мира и стабильности, еще более усилила царистские представления в русском обществе.
Подавление восстания Болотникова отнюдь не сделало более прочными позиции Василия Шуйского. Они по-прежнему были неустойчивыми. Ситуация в стране обострялась, кризис продолжал развиваться. Россия ждала царевича-избавителя, и он появился 3 мая 1607 г. в Стародубе.
Кем по своему происхождению был Лжедмитрий II – неясно до сих пор. Одни исследователи называют его боярским сыном, другие – царским дьяком, третьи – дьячком, четвертые – поповым сыном. Иезуиты считали, что Лжедмитрий II был крещеным евреем по имени Богданка и одно время служил у Лжедмитрия I. Эту версию активно утверждало в народе правительство царя Михаила Романова. Бесспорными являются те известия, где говорится о том, что он был школьным учителем в белорусских землях, после – слугой нескольких священников. За плохое поведение был выпорот и выгнан со службы. Самозванец одно время бродяжничал, сидел в тюрьме и вышел оттуда под личиной родича бояр Нагих. В конечном итоге он оказался в Стародубе, где стал чудесно спасшимся царевичем.
Лжедмитрий II был ставленником Речи Посполитой. Польско-литовские магнаты, шляхта и католическая церковь не оставляли надежд извлечь выгоды из обостренной до предела обстановки в России. К Лжедмитрию II присоединились отряды польской шляхты, потерпевшие неудачу в восстании против Сигизмунда III, и казацкие отряды И. М. Заруцкого, которого Лжедмитрий II пожаловал боярским чином. Лжедмитрия поддержали южные города Путивль, Чернигов, Новгород-Северский. Летом 1608 г., собрав силы, Лжедмитрий II двинулся на Москву. Но взять ее ему не удалось. Он потерпел неудачу в боях у Химок и на Пресне и вынужден был разбить свой лагерь в Тушине, отчего получил прозвище «Тушинского вора». Польские отряды бросились грабить Замосковный край. Отряд польской шляхты под командованием Сапеги безуспешно осаждал Троице-Сергиев монастырь.
В Тушине при самозванце образовалась Боярская дума – правительство, которое возглавил Филарет, возведенный самозванцем в сан патриарха. В России появились две столицы, два царя, два патриарха. Продолжалось это почти два года. Василий Шуйский собирал силы для борьбы с Лжедмитрием П. В 1608 г. он заключил перемирие с Речью Посполитой, по которому обе стороны отпускали пленных, оказавшихся в плену в период правления Лжедмитрия I. Выпущенная с отцом Марина Мнишек оказалась в Тушине, где за обещание трехсот тысяч золотых рублей и всей Северской земли признала своего мужа – «чудесно спасшегося царя Дмитрия» – в Лжедмитрии II и тайно с ним обвенчалась по католическому обряду.
Лжедмитрий II подчинил себе огромную часть страны. Жители ее платили огромные налоги, которые шли на содержание польских военных отрядов. Поляки грабили русские земли, что вызывало усиление сопротивления жителей Костромы, Галича, Углича, Ярославля, Мурома, Владимира и других городов.
Лжедмитрий II раздавал своим приверженцам вотчины и поместья с крестьянами. Поэтому русские бояре и дворяне переходили к самозванцу. Некоторые из них меняли «царя» по несколько раз («тушинские перелеты»). Массовые переходы русских феодалов к самозванцу пришлись на весну и осень 1608 г. В Тушине находились бояре и стольники князья Д. Т. Трубецкой, Д. М. Черкасский, Сицкой, Засекины, М. М. Бутурлин и др.