В отношении истории российского еврейства концепция Дубнова заключалась в том, что он воспринимал ее как поступательный процесс, в ходе которого польско-литовское еврейство постепенно, за столетие после вхождения в состав России, начинало осознавать себя еврейством именно российским, со своими особыми культурными, общественными и политическими задачами. В то же время история евреев в России для Дубнова — это часть и всемирной, и российской истории. Изучая ее, он стремился охватить все еврейские территориально-культурные группы; при этом ученый исходил из того, что они жили по единым законам империи. Значительное место Дубнов уделял исследованию духовного развития народа, противостояния раввинизма и хасидизма, значению распространения идей Гаскалы. Фактически он первым из историков дал обобщающую картину развития еврейской культуры в XIX — начале XX в. Дубнов рассматривал национальную культуру на иврите, идиш и русском языке как равноправные ее составляющие. Для него история еврейского народа в России — это не история «государства в государстве», а динамичный процесс, в ходе которого, ломая все внешние и внутренние преграды, евреи постепенно становились полноправным субъектом российской истории.
С. М. Дубнов утверждал: «Сущность историзма в том, чтобы прошлое воспринимать с живостью текущего момента, а современность мыслить исторически». И именно с таких позиций, воспринимая современность исторически, он выработал доктрину духовного национализма. Свои идеи, противопоставленные как сионизму, так и ассимиляторству, ученый изложил в знаменитых «Письмах о старом и новом еврействе». Согласно Дубнову, автономизм — это выражение духовного самоопределения народа, принужденного жить в галусе, еврейской диаспоре. Для ассимиляторов евреи — народ прошлого, для сионистов — будущего; Дубнов же осознавал нацию как постоянно развивающийся организм, требующий повседневной духовной пищи и защиты. Для него аксиомой было то, что большая часть евреев, даже после создания национального очага в Эрец-Исраэль, останется жить в диаспоре. А посему наилучшей формой национального самосохранения станет автономия. Основой ее виделась не религиозная, а национальная община, обладающая системой институтов — культурных, школьных, филантропических. Все общины должны образовать союз, который будет иметь свое представительство в высших государственных учреждениях. Это, по его замыслу, обеспечит «внутреннее возрождение еврейства в диаспоре». Возрождение виделось ему достижимым в результате борьбы за гражданское и политическое равноправие своего народа. «Певец галуса», он писал: «Велико горе рассеяния еврейского народа, но велико и благо рассеяния. Если бы еврейский народ, подобно другим, был прикреплен к одной земле, он был бы уничтожен вместе с территорией при политических катастрофах трех тысячелетий».
С. М. Дубнов обладал необычайно гибким умом и интеллектуальной восприимчивостью. Неустанно трудясь всю жизнь, он стремительно осваивал полученные знания, новую информацию. Он никогда не боялся корректировать свои взгляды, пересматривать те или иные, оказавшиеся отжившими, философские, исторические и общественные концепции. Однако, откликаясь на все веяния времени, он был верен главному, тому, что считал смыслом своей жизни, — изучению еврейской истории и защите прав своего народа. Как историк он вошел в мировую историографию созданием многотомной истории евреев, трудами, которые опирались на обширную базу источников и содержали оригинальную трактовку событий и их новую оценку. Его публицистика и общественная деятельность были тесно связаны с судьбой российского еврейства на стремительно меняющемся ландшафте империи. И все же главным в жизни он считал свои исторические исследования. В 1892 г. Дубнов сделал в дневнике следующую запись: «Моя цель жизни выяснилась: распространение исторических знаний о еврействе и специальная разработка истории русских евреев. Я стал как бы миссионером истории».
«Книга жизни» — это в первую очередь источник по истории российского еврейства и уже во вторую — автобиография ученого и политика. Проблематика книги широка и многообразна. Дубнов касается практически всех сторон еврейского бытия эпохи, в том числе и одной из самых насущных проблем времени — влияния идей Гаскалы, Автор выступает и как исследователь Гаскалы, и как человек, на которого идеи еврейского просвещения оказали непосредственное влияние. С этим связан и первый, еще не осознанный, детский его бунт против консерватизма, гнетущей системы обучения в ортодоксальных учебных заведениях, в которых прошли детство и юность практически всей еврейской молодежи. Воспоминания Дубнова среди прочего ценны и тем, что дают картину влияния идей Гаскалы в развитии. Первоначально нам представлено восприятие ребенка, чей ум ищет иной, не религиозной, не ортодоксальной пищи. Автор ничуть не стесняется называть среди своих первых «некошерных» книг впоследствии многократно осмеянные произведения Калмана Шульмана и Авраама Мапу. Переведенный на иврит Шульманом роман Эжена Сю «Тайны Парижа» и популярная «Пестрая птица» Мапу стали своеобразным мостом, соединившим тринадцатилетнего мальчика из уездного белорусского городка с идейным и художественным наследием еврейского просвещения 60-х гг. XIX в., хранителями и пропагандистами которого были журналы «Гакармель», «Гамелиц» и «Гашахар». Дубнов вспоминал о последнем: «...с большим волнением читал я запретные книжки журнала, который в консервативных кругах считался самым опасным... Тут я почуял новый дух в еврейской журналистике и любовался модернизированным стилем Смоленского и его сотрудников». В новой еврейской поэзии его кумиром стал Миха-Иосиф Лебенсон. Поэмы Аебенсона «Песни дочерей Сиона», «Соломон и Когелет» и «Арфа Сиона» наглядно продемонстрировали юному иешиботнику те богатейшие возможности, которые таило в себе соединение религиозно-философской поэзии прошлого с философией и поэтикой новой эпохи.
Важнейшим символом времени для С. М. Дубнова стало знакомство с русским языком. Еще недавно для евреев черты оседлости, замкнутых в своем национальном ареале, язык империи был, по существу, не нужен. В 70-е гг. XIX в. экономические и культурные преобразования привели к тому, что молодежь начала овладевать русским языком. В течение буквально трех-четырех лет Дубнов, до тринадцати лет говоривший и писавший только на иврите и идиш, осваивает русский язык. Это открывает перед ним совершенно иные горизонты. По собственному его признанию, он «получил ключ к богатой русской литературе», а с ним и к «литературе европейской, которая в изобилии преподносилась публике в русских переводах». Вскоре Дубнов вошел в круг образованной еврейской молодежи, поступил в русскую школу. Талмуд и книги Лебенсона сменили «Даниэль Деронда» Дж. Элиот, поэзия Людвига Берне, тома журнала «Дело». Постепенно Дубнов начинает жить как бы в двух мирах — еврейском и русском, Мемуары великолепно передают те душевные нюансы и то интеллектуальное напряжение, которые сопровождали процесс создания новой общности — русско-еврейской интеллигенции. В 70-е гг. XIX в. значительная часть образованной еврейской молодежи как бы вошла в одно русло с русской, главным образом студенческой, молодежью, находившейся в оппозиции к существующей в стране политической, экономической и идеологической системе.
Мемуары С. М. Дубнова уникальны во многих отношениях. В частности, только в них можно найти столь полную информацию о становлении русско-еврейской интеллигенции в ее петербургский период. Дубнов подробно описывает атмосферу «еврейского» Петербурга в переломные 80-е гг. XIX в. Погромы 1881–1882 гг. на юге России и рост антисемитизма, в том числе и государственного, привели к краху иллюзий о возможности безболезненной интеграции евреев в российское общество, следствием чему были идейный кризис и противостояние между поколением 60-х гг. и новой генерацией российского еврейства. Основные споры шли на страницах периодических изданий «Восход», «Русский еврей», «Рассвет». С. М. Дубнов, подробно останавливаясь на идейном состоянии общества того времени, рисует яркие портреты своих современников. Это были люди, олицетворявшие новое российское еврейство: Я. Розенфельд, М. Варшавский, С. Фруг, С. Лурье, М. Каган, С. Гурвич, М. Кулишер, Г, Лившиц, Л. Кантор, А. Ландау. В 80-е гг. занятия наукой, первые литературные опыты свели Дубнова с некоторыми русскими учеными и писателями, интересовавшимися еврейскими проблемами, — С. Бершадским, Н. Лесковым, М. Антоновичем. Его воспоминания являются практически единственным источником о ранних годах жизни и творчества таких впоследствии знаменитых литераторов, как А. Волынский, С. Фруг, С. Венгеров, Н. Минский. Много внимания уделяет Дубнов сути споров тех лет и своей позиции по отношению к основным проблемам еврейского национального движения — палестинофильству, ассимиляторству, диаспорности. Именно тогда, в середине 80-х гг., в Петербурге произошли изменения в его взглядах. Если раньше он выдвигал на первый план в своих исканиях общечеловеческие ценности (универсальность), то теперь российские реалии стали диктовать необходимость взаимодействия обоих направлений — национального и общечеловеческого — в истории и культуре евреев. Минули годы юношеского максимализма, и он сам признавал, что к 1886 г. «в моих работах все яснее обозначается поворот к эволюционному методу исследования истории и современности». Время интеллектуального накопления прошло. Настал период аналитической работы.
Дубнову-историку посвящено немало исследований, но во многом неоцененным остался его вклад в критику, тогда как он около пятнадцати лет был активным литературным обозревателем в журнале «Восход» и несколько лет возглавлял в нем отдел критики. Критикус — псевдоним, избранный им специально для этого направления творчества, был хорошо известен в среде интеллигенции. В своих критических статьях Дубнов резко выступал против псевдонародных, по его мнению, произведений Шомера (Шайкевича), консерватизма В. Явица и Ф. Геца, одним из первых обратил внимание на