23 января Кузнецов и Салават Юлаев пытались взять Кунгур штурмом, но боеприпасов было мало, а правительственные войска ожесточенно сопротивлялись. Пришлось отойти. Но прошло немного времени, и в феврале пугачевские отряды овладели Кунгуром и Челябинском, блокировали Шадринск. Крестьянская война охватила Западную Сибирь: Верхотурский, Тюменский, Ялуторовский, Туринский и другие уезды. В Казанском крае и на Каме действовали отряды восставших русских, татарских, удмуртских крестьян, среди которых выделялся отряд татарина Мясогуга Гумерова. Восстание охватило Поволжье, Самарский и Ставропольский края. Отряд беглого крестьянина Ильи Арапова занял Бузулук и Самару, а православные калмыки, предводительствуемые Федором Дербетевым, овладели Ставрополем.
Крестьянская война охватила обширный край от Гурьева на берегу Каспийского моря до Екатеринбурга и Ирбита, от Шадринска до Самары и Ставрополя.
«Чернь бедная» разных языков и вероисповедания с оружием в руках добывала себе землю и волю. А сам «Третий император», чьи манифесты и указы поднимали трудовой люд на великую войну, успешно отбивал вылазки войск Оренбургского гарнизона, сколачивал свою Главную, или Большую, армию, создавал Государственную военную коллегию.
Главная армия Пугачева имела довольно стройную структуру. Она делилась на полки во главе с полковниками, но полки эти были построены по принципу не регулярных, а казацких войск. Командиров — сотников, есаулов, хорунжих — выбирали на казачьем сходе (круге) или назначали «с общего согласия». Во всем войске вводились казацкие порядки, и все считались казаками.
6 ноября 1773 г. в Берде была учреждена Государственная военная коллегия. Во главе ее стоял яицкий казак Андрей Витошнов, «судьи» — казаки Максим Шигаев и Иван Творогов, «секретарь» Максим Горшков, «думный дьяк» Иван Почиталин. Казалось бы, Государственная военная коллегия восставших так же копировала Петербургскую государственную военную коллегию, как Пугачев копировал подлинного императора. Однако на самом деле это было не так. Функции пугачевской Государственной военной коллегии были необъятны. Она ведала судом и расправой, поддерживала связь с отдельными отрядами восставших, стремилась направлять их боевую деятельность, вводила казацкое самоуправление, устанавливала связь с заводами, ведала комплектованием Главной армии и отдельных отрядов, обеспечивала их оружием, боеприпасами, продовольствием и фуражом, награждала отличившихся, ведала казной и трофеями, присваивала воинские звания и назначала на командные должности, налаживала письменное делопроизводство и распространение именных манифестов и указов, пыталась претворить в жизнь лозунги и призывы восставших. Пугачев учредил и возглавленную Андреем Овчинниковым Походную канцелярию, непосредственно руководившую боевыми действиями Главной армии. Чтобы придать всем действиям законный, государственный характер, указы и манифесты скреплялись подписями и специальными печатями, изготовленными из серебра и меди.
Государственная военная коллегия, Походная канцелярия, Главное войско вносили в крестьянскую войну, возглавленную Пугачевым, известные элементы организованности. Так выглядела пугачевская Берда.
Осада Оренбурга затянулась. Пугачев не раз предпринимал всевозможные попытки овладеть городом: ворваться темной ночью, забросать ядрами и гранатами, натравить горожан на власти и т. д., но все было безуспешно. В городе начался голод. Пугачев искренне переживал несчастье горожан и говорил: «Жаль мне очень бедного простого народа, он голод великий терпит и напрасно пропадает…», — и в письме к Рейнсдорпу, «сатанину внуку, дьявольскому сыну, мошеннику, бестии» требовал сдать город и положить конец мучениям его жителей. Однако Рейнсдорп и не думал прекратить сопротивление. Он знал, что правительство готовит новый удар по Пугачеву. В районы крестьянской войны направлялись многочисленные войска, местное дворянство организовывало ополчения, помогало властям и купечество. Подчеркнув, что горести поволжского дворянства — это и ее горе, Екатерина II приняла на себя звание «почетной казанской помещицы». За поимку Пугачева обещала награду 10 000 руб.
В это время внимание Пугачева было отвлечено Яицким городком. 30 декабря отряд Михаила Толкачева занял городок, и только крепость продолжала обороняться. 7 января 1774 г. в Яицкий городок прибыл Пугачев.
И тут произошло событие, которое вызвало различные толки в рядах повстанцев. Яицкие казаки, желая крепче привязать к себе Пугачева, надумали женить его. «Ты как женишься, — говорили казаки, — так войско яицкое все к тебе прилежно будет». Пугачев торопился. Выбор его пал на молодую казачку Устинью Петровну Кузнецову. В доме Толкачева сыграли свадьбу и поздравили молодых — «императора» и «благоверную императрицу», весьма сомневавшуюся в царственном происхождении своего супруга. Женитьба Пугачева вызвала большое брожение умов. Во-первых, многие сомневались: «Как-де этому статься, чтобы царь мог жениться на казачке». Кроме того, «народ тут весь как бы руки опустил и роптал: для чего он, не окончив своего дела, т. е. не получа престола, женился».
Между тем взять укрепленную цитадель Яицкого городка не удалось, и 19 февраля Пугачев уехал из Яицкого городка — тревожные вести о наступлении правительственных войск заставили его поспешить к своей Главной армии.
22 марта в бою с войсками генерала Голицына под Татищевой крепостью Пугачев был разбит. Потери восставших были очень велики. В плен попали видные соратники Пугачева: Хлопуша, Подуров, Мясников, Почиталин, Толкачевы и другие. Под Уфой потерпел поражение и попал в плен Иван Зарубин-Чика.
Приехав в Берду с несколькими казаками, Пугачев сразу же покинул ее, а через несколько дней войска Голицына вступили в Оренбург. Бой под Сакмарским городком 1 апреля закончился новым поражением Пугачева. С отрядом в 500 человек казаков, работных людей, башкир и татар Пугачев ушел на Урал.
Второй этап крестьянской войны. Штурм Казани
Начался второй этап крестьянской войны. Пугачев не унывал: «Народу у меня как песку, — говорил он — и я знаю, что чернь меня с радостью примет».
Он был прав. Народ («чернь») его поддержал. Активно действовали отряды Салавата Юлаева, Ивана Белобородова, Кинзи Арсланова. 6 мая, не имея ни одной пушки, Пугачев овладел крепостью Магнитной. Пугачев сражался в первых рядах и был ранен картечью в руку. Через день к нему присоединились отряды Перфильева и Овчинникова, разбитые генералом Мансуровым под Яицким городком, а затем и отряд Белобородова. Возродилась Государственная военная коллегия. Победным маршем шел Пугачев по Оренбургской укрепленной линии, присоединяя к себе казаков и «заводских мужиков», башкир и солдат, забирая с собой пушки, порох, деньги, провиант и оставляя за собой сожженные крепости, разрушенные заводы, мосты, запруды — по пятам за ним шли правительственные войска. Особенно активно преследовал Пугачева отряд И. Михельсона.
Восстание нарастало. 18 июня Пугачев подошел к Осе. В его лагерь явился старик гвардеец, знавший в лицо Петра III и желавший убедиться в подлинности «императора». Пугачев решился на опасный шаг. Одетый в простое казачье платье, он стал в строй. Пугачев пристально смотрел на шагавшего вдоль строя старика: «Што, старик? Узнал ли ты меня?» Старик смутился. Пугачев продолжал: «Смотри, дедушка, хорошенько, узнавай, коли помнишь!» Гвардеец долго вглядывался в черты лица Пугачева и, наконец, произнес: «Мне-де кажется, что вы походите на государя». «Ну, так смотри же, дедушка, поди, скажи своим-то, чтоб не противились мне…» Старик так и поступил, и 21 июня Оса сдалась без боя «императору». Дорога на Казань была открыта. Отсюда, из Казани, Пугачев собирался «пройти в Москву и там воцариться и овладеть всем Российским государством».
Пройдя Рождественский завод, Пугачев двинулся далее. Из-под Осы на Казань вместе с Пугачевым шло более 5 тысяч крестьян, мастеровых и работных людей Пермского края.
Вместе с Пугачевым шел на Казань прославившийся своими действиями в Пермском крае один из выдающихся предводителей крестьянской войны Иван Белобородов. Пугачев сумел сохранить и провести сквозь суровые испытания закаленное ядро своего войска. Пополнилось оно не только башкирами, но и мастеровыми, работными людьми. Многие из них «сначала были к возмущению первые», «в зимнее время в народе составляли смятение», не раз поднимали оружие против заводчиков и приказчиков, были «в бегах» во время карательных экспедиций, бежали в мае к самому Пугачеву, в первых рядах с башкирами «обирали домы» господские, приказчичьи, бились за Осу и вошли в нее с победой, а затем уже двинулись с Пугачевым под Казань.
Переправившись вместе с Главной повстанческой армией через Каму, Пугачев взял направление на Казань, но, пройдя несколько верст, свернул с дороги и пошел в сторону Боткинского и Ижевского заводов, так как он понимал, что, поскольку заводы находятся в руках правительства, их нельзя оставлять у себя в тылу.
Узнав о приближении повстанческой армии, купцы и заводские чиновники спешно покинули заводы. Заводские власти создавали отряды для борьбы с восставшими. Но Пугачев опередил их. 24 июня его армия показалась на дороге к ВСткинскому заводу. Встречали Пугачева все бывшие в этот день на заводе крестьяне и мастеровые. Завод подожгли и в огне сгорели здания, конторы, церкви. Вскоре вся армия восставших во главе с Пугачевым появилась у Ижевского завода. Крестьяне и работные люди встретили «государя» колокольным звоном, крестом и иконами, стоя на коленях.
Взятие Боткинского и Ижевского заводов обеспечивало Пугачеву беспрепятственное движение к Казани и значительно укрепило армию восставших.
Успешный исход похода Главной армии восставших на Казань во многом был предопределен повстанческим движением в Казанском крае, которое началось задолго до прихода в этот район Пугачева. Правда, восстание крестьян Казанского края, разгоревшееся зимой 1773/74 г., в марте — апреле было жестоко подавлено карателями, но вскоре вновь вспыхнуло, особенно в связи с первыми известиями об успехах Пугачева в Башкирии и на уральских заводах и в еще большей степени при вступлении самого Пугачева на территорию Казанского края. В армии восставших оказалось много приписных к уральским заводам крестьян — выходцев из Казанского края. От них-то сюда и проникали слухи о новых успехах Пугачева. Крестьяне тайно собирались на сходки и обсуждали эти известия. Наибольшую активность проявляли работные люди, приписанные к заводам, помещичьи крестьяне и крестьянство нерусских национальностей, которое испытывало классовый, национальный и религиозный гнет. В Казанском крае действовали отряды удмурта Чупаша, мещеряка Бахтиара Канкаева, татарина Мясогута Гумерова и другие.