В 1869 г. А. М. Бутлеров покинул Казанский университет и перебрался в Петербург. С его уходом обстановка в университете еще более осложнилась. Враждебность и конкуренция между группировками разгорелись с новой силой. Следом за Бутлеровым из Казани уехал А. О. Ковалевский (перевелся в Киевский университет).
В начале 1870 г. была организована травля и обструкция П. Ф. Лесгафта. Поводом послужили созданные им женские акушерские курсы, которые проводили свои занятия в стенах университета, а некоторые слушательницы допускались к работе на кафедре анатомии. В период реакции конца 60-х годов женщины были изгнаны из университетов России, куда они пытались проникнуть во время общественного подъема в начале десятилетия. Присутствие женщин на занятиях и на кафедре П. Ф. Лесгафта было расценено как преступление «против законов и нравственности». В результате Лесгафт был уволен из Казанского университета без права преподавания в высших учебных заведениях России.
История увольнения П. Ф. Лесгафта ярко характеризует всю тяжесть обстановки, создавшейся в Казанском университете.
П. Ф. Лесгафт позже писал, что в университете нарушался принцип гласности, протесты профессоров отвергались начальством, мнения игнорировались, поддерживались незаконные действия. Все это вызвало бегство из университета передовых профессоров.
Эти события совпали с подготовкой и защитой М. Н. Богдановым магистерской диссертации и началом его педагогической деятельности.
Уход из университета Бутлерова, Лесгафта, Ковалевского сильно затруднил положение и деятельность оставшихся. Но и в этих условиях Вагнер и Богданов много делали для развития научных исследований, плодотворной работы общества естествоиспытателей, улучшения преподавания. С осени 1870 г. Модест Николаевич начал читать курс зоологии позвоночных животных на естественном отделении физико-математического факультета. Лекции его с самого начала вызвали большой интерес у слушателей и получили высокую оценку членов факультета. Уже в октябре 1870 г. совет университета специальным постановлением признал курс, читаемый Богдановым, обязательным для посещения наравне с курсами штатных профессоров, хотя он был лишь приват-доцентом.[5 Приват-доценты в дореволюционной России — внештатные преподаватели высших учебных заведений, читавшие курсы лекций по специальным предметам.]
В архиве Казанского университета сохранилась подробная программа этого лекционного курса.[6ЦГИА Тат. АССР, ф. 977, оп. ф.-м. ф-та, д. 510, лл. 16—17.] Интересно отметить ее своеобразное построение. Большинство зоологических курсов того времени представляли собою систематические обзоры групп животных с более или менее подробной анатомо-морфологической характеристикой и краткими сведениями о распространении и образе жизни. Богданов строил свой курс по другому плану.
Систематический обзор позвоночных занимал лишь половину курса. В характеристике каждого класса большое место уделялось биологии, географическому распространению, роли животных в природе. Стремление Богданова связать изложение материала с практикой человеческой деятельности заставило его обратить особое внимание на значение отдельных классов позвоночных в жизни человека. При этом он рассматривал такие отрасли хозяйственной деятельности, как искусственное рыборазведение, акклиматизация промысловых животных, скотоводство и птицеводство. Таким образом, слушатель получал представление о классе как о естественной группе организмов, занимающих строго определенное место в экономике природы. Этот дополнительно введенный Богдановым материал значительно расширял рамки обычного зоологического курса, делал его глубже и интереснее.
Богданов ввел в программу также два самостоятельных раздела—«Эпохи жизни индивидуума» (обзор основных моментов онтогенеза) »и «Отношение позвоночных к внешнему миру и между собою» (взаимоотношение с внешней средой, жизненные циклы и вопросы эволюции).
При (изложении закономерностей эволюции Богданов особое внимание уделил зоогеографическим явлениям и их связи с геологией ареала, т. е. тем фактам, которые были непосредственным объектом его собственных исследований. Кроме того, он вынес на суд студенческой аудитории вопросы классификации позвоночных. Это был смелый педагогический прием — освещать на лекциях студентам-первокурсникам спорные научные проблемы. В то время принципы естественной классификации даже такой разработанной группы, как позвоночные, были еще далеко не ясны. Обсуждение такого материала в лекционном курсе будило критическую мысль и любознательность слушателей.
К этому времени относится первая попытка М. Н. Богданова прочесть курс популярных лекций по зоологии для жителей города Казани.
Одной из задач Казанского общества естествоиспытателей было распространение естественнонаучных знаний. Для этого оно организовало курсы популярных лекций по широкому кругу естественных наук (математике, химии, космографии и метеорологии, геологии, ботанике, зоологии, анатомии человека, гистологии и физиологии). В чтении лекций принимали участие выдающиеся ученые университета — химик В. В. Марковников; геолог Н. А. Головкинский; анатомию человека читал П. Ф. Лесгафт. Чтение зоологии было поручено Богданову.
Популярные лекции имели очень большой успех у слушателей, которых было более 600 человек, среди них немало женщин. Все это показывало, насколько нужны и полезны были такие лекции в условиях Казани — провинциального города, где возможность получения научных знаний для огромного большинства жителей полностью отсутствовала, несмотря на наличие университета. А тяга к знаниям была очень большой.
В 1871 г. Богданов разработал и опубликовал в «Протоколах» Казанского общества естествоиспытателей программу популярного лекционного курса, посвященного истории развития русской фауны: «О былом и настоящем высших (позвоночных) животных Европейской России». Программа представляет большой интерес, так как является попыткой обрисовать не только историю русской фауны, но и картину ее современного состояния, ее хозяйственное использование и воздействие человека на ее настоящее и будущее. Специальный раздел программы посвящался домашним животным и положению русского животноводства.
Чтение лекций Богданова должно было начаться в январе 1871 г. (по другим наукам они уже читались в 1870 г.). «Волжско-Камская газета» оповещала об этом своих читателей: «Судя по программе, опубликованной лектором, заслужившим уже почетную известность своими работами и сочинениями по зоологии, — эти чтения обещают быть особенно интересными» (III, 11, стр. 3). Однако чтения не состоялись. Лекции были запрещены губернатором Казани под предлогом того, что общество естествоиспытателей своевременно не испросило специального разрешения Министерства просвещения на продолжение их чтений в 1871 г. А билеты на весь лекционный курс уже были распроданы. Богданову пришлось в той же газете поместить обьявление: «По распоряжению г. Казанского губернатора чтение публичных лекций Богданова „О былом и прочее животных России “ — остановлено (подчеркнуто Богдановым,— Н. Б. и Г. К.). Поэтому имею честь известить, что читать означенные лекции я не буду.. .».
После защиты магистерской диссертации весной 1871 г. Богданов продолжил свои исследования. Теперь его внимание привлек Кавказ с богатой и очень слабо в то время изученной фауной. Планируя свою летнюю поездку туда, Богданов писал в заявлении обществу естествоиспытателей: «Зоогеографические исследования, которыми я занимался в предыдущие годы в Поволжье, привели меня к убеждению, что распределение животных на земной поверхности зависит не только от местных современных условий среды, но очень многие особенности распределения форм находятся в связи с геологическими явлениями, именно с колебаниями материков в последние геологические эпохи; так, между прочим, изучение приволжской фауны выяснило мне значение черноземной полосы России, как сравнительно древней суши, пережившей ледниковую эпоху. Имея намерение продолжить последовательно разработку тех же зообиогеографических вопросов, я считаю особенно важным для моей задачи посвятить лето настоящего года изучению фауны позвоночных животных Кавказа.
Не говоря уже о том, что эта недавно лишь покоренная страна слишком мало известна в этом отношении, — для моих исследований знание ее фауны имеет то огромное значение, что Кавказ как самый высокогорный хребет Европы должен представлять поэтому остатки наиболее древней фауны, здесь же должны находиться центры расселения многих видов, которые распространились потом на окрестные равнины, между прочим на русскую» (I, 18, стр. 85—86).
На Кавказе Богданов стремился проверить свои выводы о зоогеографических закономерностях, сформулированные им в диссертации.
Фауна Кавказа оказалась столь богата, что при первом знакомстве с нею Богданов сумел только наметить первоначальные ориентиры в ее распределении. Тяжелая форма тропической малярии, поразившая Богданова во время поездки, заставила прервать работу. Казаки вывезли его чуть живого, в беспамятстве, с черноморского побережья в Грозный. Но едва Богданов немного оправился, как снова вернулся к исследованиям.
Ему удалось посетить северные склоны главного Кавказского хребта и долины крупнейших кавказских рек — Терека, Кубани, Сулака и Куры. Общие выводы о фауне Кавказа Богданов сформулировал в своем отчете обществу естествоиспытателей. Характеризуя вертикальное распределение животных в горах, он отметил присутствие типичной кавказской фауны только на значительных высотах (в поясе высокогорных хвойных лесов и еще выше). В нижележащих поясах фауна была смешанной, сходной как с алтайской, так и с европейской. Равнинные части речных долин оказались населены очень пестро и разнообразно.
Материалы, собранные Богдановым на Кавказе, были им обработаны и систематизированы значительно позже, уже в Петербурге.
При всех успехах Богданова в научной деятельности, доставивших ему известность в кругах русских зоологов, при весьма успешно начатой педагогической деятельности служебное положение его в Казанском университете оставалось неопределенным.