Одним из наиболее ярких дел царствования Федора Иоанновича было учреждение, не без подсказки Б. Годунова, патриаршества на Руси в 1589 г. (первым патриархом стал Иов). Этот акт сделал Русскую Православную Церковь полностью самостоятельной, повысил ее международный авторитет как центра православия и укрепил позиции церкви в московском обществе, особенно в условиях, когда большинство христианских церквей Европы подписали Флорентийскую унию, в том числе московский митрополит Исидор, за что был изгнан со священного престола.
После смерти в январе 1598 г. царя Федора, в чем многие его современники обвиняют Годунова, династия Рюриковичей прекратила свое существование. Полтора месяца шла ожесточенная борьба за трон между партиями Б. Годунова и Федора Никитича Романова (будущий патриарх Филарет). В ход шло все: интриги, подкуп, угрозы, выдача дворянскому войску жалования за три года вперед и т.п. Несмотря на сопротивление боярской думы, 17 февраля 1598 г. Земский собор, по предложению патриарха Иова, избрал царем Б. Годунова (1598 – 1605 гг.). Выбранный на царство вопреки воле определенной части крупного боярства, Борис, как верный ученик Ивана Грозного, проводил политику экономического и политического ограничения власти крупных феодалов, делая ставку на дворянство и бюрократию.
Борис Годунов освободил дворянские земли от обложения налогом, выделив их в так называемые "белые земли". Им были приняты меры по ужесточению сыска беглых крестьян. Боярам было запрещено выводить крестьян из черных земель для заселения своих вотчин. Эту привилегию оставили лишь дворянам.
Одним из ярких проявлений противостояния боярства и Годунова были события 1600 г. Осенью здоровье Бориса резко ухудшилось, появился призрак вновь освобождавшегося трона. В центре заговора против Годунова встали бояре Романовы. 26 октября 1600 г. царские стрельцы разгромили двор Романовых в Москве, на котором находилось несколько сот их вооруженных сторонников и дворовых людей. Среди последних присутствовал еще никому не известный Юрий Отрепьев.
Поводом для разгрома послужил донос на Александра Никитича Романова, якобы хранившего у себя "колдовские коренья" с целью извести Бориса и всю его семью. Коренья действительно были найдены, и начался самый большой «колдовской» процесс XVII в. Многие из двора Романовых были казнены, сами же бояре попали в опалу.
В критические годы разрухи, голода и внутренних сумятиц в России появилось новое явление – самозванство. Некоторые современные исследователи полагают, что «питательным слоем» для самозванцев был постепенный распад древнерусской соборной ментальности, вызревание индивидуального сознания, выходившего из рабского подчинения коллективному мнению, а также традиционное «мифологическое осмысление мира», основанное на узнавании, отождествлении новых предметов, образов с увиденными ранее.
В 1603 г. в Братчине – имении польского князя Адама Вишневецкого объявился 22-летний беглец из Московии, заявивший, что он чудом спасшийся младший сын Ивана Грозного – угличский царевич Дмитрий, впоследствии получивший прозвище Лжедмитрий. Историкам удалось более или менее полно реконструировать его жизненный путь. Юрий Богданович Отрепьев родился в небогатой дворянской семье, предки которой выехали из Литвы на службу в Москву. Отец его был сотником в стрелецких войсках. Честолюбивый молодой дворянин поступил на службу к Михаилу Никитичу Романову и занял, по всей видимости, при нем достаточно высокое положение. Последнее обстоятельство заставило его осенью 1600 г. скрыться от царского гнева и виселицы в Суздальском Спасо-Ефимьевском монастыре.
Через некоторое время опальный чернец Григорий, воспользовавшись протекцией одного священнослужителя и своего деда Елизария Замятни, бывшего в Москве объезжим головой (ведал охраной порядка в части Белого города от Неглинной реки до Алексеевой башни), поступил монахом в аристократический Чудов монастырь. Благодаря уму и недюжинным, в том числе и литературным способностям, Григорий Отрепьев стал фактически "референтом" при патриархе Иове, сопровождал его на заседания боярской думы и при визитах к царю. Довольно долго обретавшись в боярских и патриарших хоромах, на царском дворе, будущий "царевич" много узнал об угличской трагедии, дворцовых делах и интригах.
Из Чудова монастыря Григорий Отрепьев бежал в Киев, а оттуда в Литву и, наконец, появился в Польше. О причинах этих поступков Лжедмитрия у историков имеются различные суждения.
Многие исследователи Смуты, например, С.Ф. Платонов, прямо высказывали мысль о том, что подготовка и появление Лжедмитрия I была делом рук боярской оппозиции Годунову. В.О. Ключевский подчеркивал, что Лжедмитрий "был только испечен в польской печке, а заквашен в Москве".
Князь Адам Вишневецкий доставил Лжедмитрия к своему родственнику, одному из богатейших магнатов Польши, сандомирскому воеводе Юрию Мнишеку. Последний сообщил о ценной находке польскому королю Сигиз-мунду III. Весть о царевиче Дмитрии быстро распространилась по Европе, дойдя до Рима и до Москвы. Царское правительство объявило его самозванцем, галическим дворянином Юрием Отрепьевым.
Однако польско-литовских феодалов и католическую церковь, с давних пор устремлявших свои взгляды на русские земли, больше устраивала версия о сыне Ивана Грозного. Весной 1604 г. Лжедмитрий был принят Сигиз-мундом III и папским нунцием (послом) в Кракове Рангони. Самозванец тайно принял католичество и письменно обратился к папе Клименту VIII за помощью в возвращении отцовского трона, обещая взамен быть верным сыном католической церкви и слугой папского престола.
Получив благословение папы римского, Лжедмитрий начал формирование войска из польского шляхетства, обещая в качестве вознаграждения будущие завоеванные земли в России и всяческие привилегии.
Он получил поддержку богатейших семей Польши, предложил свою руку Марине Мнишек, пообещав, взойдя на престол, сделать ее царицей и уплатить ее отцу 100 тыс. злотых, а заодно и погасить все его долги. Сигизмунду III Лжедмитрий пообещал отдать Польше Новгород, Псков, Смоленские и Северские земли.
Одновременно самозванец обратился за помощью к запорожским и донским казакам, недовольным политикой ограничения их свобод, проводимой Борисом Годуновым. Прелестные грамоты самозванца были широко распространены по всей русской земле и породили в душе народа веру в доброго царя Дмитрия, который освободит его от лютого голода и других напастей и бед, навалившихся на Россию. Кроме того, многие боярские роды, желая свалить Бориса Годунова, готовы были заключить союз с любым противником царя.
Наряду с этим, подчеркивал В.О. Ключевский, на руку самозванцу сыграла и вера народа в божественное происхождение царской власти, что делало в его глазах Дмитрия истинным наследником Богом данной Ивану IV власти, а Годунова не настоящим, а кем-то избранным царем.
13 октября 1604 г. 3-тысячное войско Лжедмитрия I (1 тыс. поляков, 2 тыс. казаков) вторглось в Россию, и его численность, в силу указанных причин, начала быстро расти. Обойдя Смоленск, Лжедмитрий через Северную Украину начал движение на Москву, беря города Моравск, Чернигов, НовгородСеверский, Путивль, Рыльск, Курск, Кромы. Большинство городов, охваченных народными восстаниями против Годунова, добровольно перешло на сторону самозванца.
Наконец, в январе 1605 г. 60-тысячному царскому войску удалось разбить Лжедмитрия под Добрыничами (близ Севска), однако воеводы, князья Мстиславский, Василий и Дмитрий Шуйские, отказались от преследования противника и его полного уничтожения. Лжедмитрий с остатками своих войск отошел в Путивль.
Второй момент Смуты: воинская смута. В этот критический момент, 13 апреля 1605 г., внезапно умер царь Борис, и на престол вступил его 16-летний сын Федор. Бояре не признали царя и составили заговор. В начале мая 1605 г. воеводы Басманов, Голицын, Ляпунов подняли мятеж в лагере царского войска в Кромах и перешли на сторону самозванца.
В конце мая в Москве вспыхнул мятеж, руководимый противниками Годунова, царь Федор и его мать царица Ирина были брошены в застенок, а затем убиты. Опора Годунова – патриарх Иов был заточен в монастырь, патриархом стал Игнатий.
Мятежники признали Лжедмитрия царем. 20 июня 1605 г. он вступил в Москву, а через месяц венчался на царство. Но царствованию его не суждено было быть долгим, хотя он и проявил, по мнению В.О. Ключевского, незаурядные организаторские и другие способности.
Лжедмитрий не торопился выполнять обещания, данные полякам, и потерял их поддержку. Он стал активно опираться на дворянство, раздавая звания и земли, вследствие чего перестал быть "добрым царем" для народа. Самозванец вознамерился стать самодержавным властителем, чем не оправдал надежды боярства на то, что будет марионеткой в его руках. И, наконец, национальные чувства русских людей были поруганы наводнившими Россию поляками, их пренебрежительным отношением ко всему русскому и православному.
В ночь на 17 мая 1606 г. 200 вооруженных дворян во главе с князем Василием Шуйским и братьями Голицыными ворвались в Кремль и, перебив охрану, убили самозванца. Труп его был сожжен, а пепел выстрелен через те ворота, в которые он вошел в Москву, в сторону Польши.
Бояре, зная отношение к себе простого народа и дворян, не решились на созыв Земского собора, а собрав через три дня после гибели Лжедмитрия на Красной площади народ, вывели под руки на Лобное место князя Василия Ивановича Шуйского и выкрикнули его царем (1606 – 1610 гг.).
II период Смутного времени (1606 – 1610 гг.) начался с воцарения Василия Шуйского. Он характеризуется, в первую очередь, третьим моментом Смуты: народная смута. В 1606 – 1607 гг. шла масштабная гражданская война.
Ее наиболее драматичные страницы связаны с именем Ивана Болотникова.
Бывшему холопу князя Телятьевского удалось собрать под свои знамена всех противников старой боярской аристократии и царя Василия. Провозгласив себя воеводой доброго царя Дмитрия, Болотников с июня 1606 г. по октябрь 1607 г. дошел от Путивля до Москвы, пытался взять ее, оборонял Тулу, а после ее падения был ослеплен и утоплен. В советской исторической науке события 1606 – 1607 гг. традиционно рассматривались как антифеодальная крестьянская война под руководством И.Болотникова.