У Д. И. Сушкина кроме упомянутого уже малолетнего сына Иосифа, было еще три старших сына: Михаил, Иоанн и Кондратий и три дочери: Агрипина, Анна и Вера. «Сушкин хотел и всех детей исправить», но этому воспротивилась его супруга. Она заявила, что этого сделать нельзя скоро; нужно выждать время, так как наступала уже пора женить старших сыновей. Старик Сушкин питал крепкую уверенность, что скорее всего перейдет в раскол третий его сын Кондратий, который с 15 лет по торговым делам жил в Орле, где в это время был главный приют разных раскольничьих сект. Здесь, по описанию о. Макария, мужчины стригли себе макушки и на лбу выстригали венчики, женщины ходили в душегрейках и сарафанах с долгорукавками. Отправляясь на молитву, женщины надевали «холодники» и покрывались платком не на угол, а опуская оба конца по сторонам. Кондратий с распростертыми объятиями был принят в среду старообрядцев, посещал их часовню, читал и пел там на клиросе, и все думали, что из него выйдет настоящий уставщик, но по своему характеру живому и веселому, со своими склонностями быть в обществе, «поухаживать за прекрасным полом, попеть, поплясать и покурить» он не мог помириться с воззрениями старообрядцев и оста лся навсегда сыном Пра вославной Церкви. Старшие два сына по торговым делам жили большей частью вне дома, а потому об их «исправлении» и мало думали. Что касается дочерей, то все они были, вопреки их воле, присоединены к старообрядчеству и почти насильно выданы замуж за старообрядцев.
Старший сын Дионисия Ивановича Михаил Дионисьевич был женат на Марье Андреевне Маскатиной, на женщине очень умной и по тому времени даже образованной, а второй сын Иван Дионисьевич, отец покойного отца о. Макария, вступил в брак с Феодосьей Петровной из фамилии тоже Сушкиных. Феодосья Петровна была «небольшого роста и средней красоты», происходила из семейства, «приупавшего вследствие торговых невзгод», а посему Иван Дионисьевич не с особенной охотой брал ее себе в замужество. Трижды ходили «на смотрины» и не оставляли шляпы, что, по тому времени, означало согласие жениха на брак, и только в третий раз Иван Дионисьевич оставил свою шляпу случайно, по забывчивости. Впрочем, Иван Дионисьевич не желал выходить из послушания своему отцу, которому хотелось оженить своих сыновей на девушках «из честнейших домов в городе» и притом скромницах, чтобы потом можно было их легче «исправить». От этого брака родились сыновья Василий, Иван, Петр и 16 февраля 1821 года Михаил, в монашестве Макарий.
На третьем году, после рождения сына Михаила, Иван Дионисьевич по торговым делам из Тулы переехал на жительство в Петербург со всем его семейством, кроме последнего сына. Двухлетний Миша был оставлен в Туле у бабушки и прожил у нее почти до семилетнего возраста. Бабушка Акилина Васильевна, не имея у себя в доме других детей, привязалась всей душой к живому, остроумному внучонку и, по любви к нему, снисходила ко всем его шалостям и прихотям. Ребенок воспитывался под надзором няни Марфы, которая, по сознанию самого о. Макария, «любила его, кажется, больше матери и следила за каждым его шагом». С шести лет его засадили за «букварь» под руководством одной крепостной, весьма начитанной женщины, а затем вскоре же заменили его «Часословом», по которому бойкий мальчик начал читать скоро же быстро и толково. Успехи в грамоте радовали дедушку, который постоянно брал с собою своего любимого внучонка в часовню, в надежде, что в будущем он и его «исправит». В этих видах многое он прощал своему любимцу и всячески его баловал. Так как мальчик был большой охотник до лакомств всякого рода, то его карманы всегда были ими переполнены. Зная эту слабость своего семилетнего внука, дед однажды, возвратившись из старообрядческой часовни, начал вести с ним такую беседу: «Нравится ли тебе в нашей часовне?» Бойкий мальчик смело ответил: «Нет, у нас в церкви лучше». «Чем?» – продолжал допрашивать дедушка. Мальчик ответил: «У нас светлее и отворяются царские двери, а у вас нет». Несколько времени спустя после этого разговора бабушка призывает к себе внука и внушает ему: «Дедушка хочет тебя „исправить“, но ты скажи ему, что я без батюшки не смею». На другой деньдедушка ведет такую речь к своему ребенку-внуку: «Переходи к нам в часовню, мы тебя будем любить больше других». Внук ответил в смысле внушения бабушки и при этом разрыдался на все комнаты. В скором времени от Ивана Дионисьевича из Петербурга было прислано в Тулу письмо приблизительно следующего содержания: «Батюшка, вы пишете ко мне, что желаете присоединить сына моего Михаила к часовне, то я скажу Вам вот что, за что вперед прошу простить меня Христа ради. Вы разрознили нас с собою и с братьями, о чем мы теперь немало скорбим. Вы предполагали поженить нас и тогда обратить в свою веру, но дела торговые изменили Ваш этот план. Мы остались навсегда разделенными с Вами, ибо не предвидится никакой надежды, чтобы семья могла бы когда-нибудь соединиться вместе. При помощи Божией, дела наши расширились. Если и старший брат Михаил Дионисьевич, находясь так близко от Вас, не имеет времени побывать к Вам, то тем более Вы мне это не позволите, а, между тем, время изменяется. Быть может, моим детям, которых у меня четверо, когда-нибудь придется жить вместе: трое пойдут в церковь, а четвертый или останется дома, или пойдет неизвестно куда. Вы сами имели на опыте: когда перешли в часовню, то братья Вас оставили, что неприятно Вам казалось прежде. Когда мы были молоды и бывали дома, Вы с матушкою уедете в часовню, а мы отправимся в церковь, а пришедши домой, опасаемся друг другу сказать что-либо о торжестве праздника, ибо каждый имел свои понятия. Потому, испытав тяжелое впечатление на себе, я не желал бы, чтобы и сын мой испытывал то же. А так как Вы не желаете уже отпустить его к нам и хотите обучить его грамоте и сделать из него себе помощника, как в Вашей ежедневной службе, так и в делах, то он не изучит своих обязанностей к отцу и матери. Прошу оставить его на время, которое указано будет Богом».
Иван Дионисьевич не сочувствовал намерениям своего отца, как это видно по тону письма, и не прочь был сейчас же вырвать своего малютку, на которого, к слову сказать, доселе не обращалось родителями никакого внимания, но дальность расстояния и неудобства путей сообщения заставили его оставить мальчика на руках дедушки до первого удобного случая. Такой случай вскоре представился, и для мальчика безвозвратно миновала пора счастливого детства, пора раздольной жизни под крылом нежно его любившей бабушки и доброй няни. Не зная своих родителей, живя вдали от них, ребенок сжился с окружающими его лицами, которые страстно были привязаны к нему, сроднился с окружающею обстановкой и не с охотою собирался в Петербург к своим родителям и к своим братьям, с которыми его связывало одно лишь кровное родство. «Мне весьма не хотелось» собираться к отъезду, – замечает в своей автобиографии о. Макарий, но не с радостью также расставались с ним бабушка и его няня. Первая «плакала несколько дней», а вторая – «плакала более всех чуть не в голос, обещая навестить ребенка при первом удобном случае».
Из Тулы выехал ребенок вместе с дядею Петром Семеновичем Ложниковым, женатым на Вере Дионисьевне, который ехал в Петербург «для заведения своих дел». Но до Петербурга на сей раз путешественники не доехали. Петр Семенович почему-то раздумал ехать в Петербург и вернулся обратно в Тулу, а мальчик Миша оставлен на время у старшего дяди по отцу Михаила Дионисьевича и прожил здесь в Москве до лета, посещая с своими сверстниками приходское училище у Вознесения, что за Серпуховскими воротами, близ Конной. Летом, после перенесенных потрясений вследствие потери супруги, приехал в Москву Дионисий Иосифович «для исповеди и причащения» вместе с зятем Петром Семеновичем, который на сей раз предполагал привести в осуществление мысль о поездке в Петербург, почему-то, как известно, не состоявшейся почти год тому назад. С этим своим спутником маленький Сушкин и отправился далее в Петербург к родителям.
Холодна и тяжела была встреча сына с родителями, которых он не знал. В своей матери, встретившей гостей на лестнице, он признал лишь «большое сходство с теткою, сестрою матери, девицею Пелагиею, так что почти принял ее за нее». Явившийся в дом отец встретил своего малютку сына официально; поцеловав его, он начал расспрашивать его о здоровье, на что гость отвечал упорным молчанием. Неохотно он отвечал на вопросы своих братьев, облепивших гостя со всех сторон. Его смущение в новой для него семье еще более усилилось, когда он заметил, что братья, слыша частое употребление им слова «энто-то» и видя его неумение держать себя порядочно в обществе, помирали со смеху над ним. Поэтому он долго не мог сойтись с братьями и «дичился» их. Вообще в родной семье он не встретил ни ласк своей покойной бабушки, ни беспредельной любви своей няни, и ему казалось, что он попал «как бы в чужое семейство». Дядя Петр Семенович с которым он приехал, «казался ему роднее всех на свете», а потому весьма естественно на первых порах своей жизни в Петербурге мальчик «одну отраду находит в свидании с дядей, от которого не отступал ни на шаг, когда он бывал дома». Вся обстановка, внешняя и домашняя, чрезвычайно не понравилась новому члену семьи Н. Д. Сушкина: «даже в Москве, по замечанию о. Макария, мне было привольнее, нежели в Петербурге».
Феодосия Петровна, как женщина «набожная» и воспитывавшая своих детей в страхе Божием и в строгом исполнении всех церковных обрядов Православной Церкви, вскоре после первого же свидания с сыном осведомилась у него о его религиозном воспитании в доме дедушки и, к своему огорчению, нашла, что мальчик не имеет никакого понятия о добрых навыках, приличных мальчику христианской благочестивой семьи. Он не знал наизусть ни одной молитвы, а поэтому его как уже «недурно читавшего по-славянски» немедленно засадили за часослов и не ранее позволили оставить его, как он бойко вытвердил начальные листы его до Символа веры включительно.
Через неделю после приезда в Петербург Миша с остальными братьями стал посещать частную школу