Неизвестна судьба молодого князя Болконского: убит ли он в Аустерлицком сражении или жив? Княжна Лиза, жена Андрея, рожает, и в эту самую ночь возвращается князь Андрей, но, увы, лишь чтобы попрощаться: в родах княгиня Лиза умирает… Вина перед покойной женой отныне постоянно мучает Андрея.
Кое-что мучает и Пьера Безухова: это вопрос – изменяет ли ему жена с Долоховым? Намеки окружающих и анонимное письмо тревожат его, говорят о предательстве. Не выдержав, Пьер после ссоры в клубе вызывает Долохова на дуэль. Добряк Пьер впервые держит в руках орудие убийства, Долохов же – опасный и подлый противник, и однако Пьер ранит его. Затем следует тяжелый разговор с женой, после которого Пьер оставляет Москву, а также доверенность на управление своими имениями (то есть большую часть состояния) – жене, а сам отправляется в Петербург.
Разочарованный, опустошенный, Безухов встает на путь масонства, вдохновленный дорожным попутчиком, известным масоном Баздеевым. Хоть ритуал вступления в ложу и смущает Пьера, но его душа, всегда жаждущая истины, в восторге, ибо Пьеру кажется, что истина наконец найдена. Он жаждет делать добро тем, кто нуждается в нем, и едет облагодетельствовать своих крестьян в имение в Киевской губернии. Там его прекрасный порыв наталкивается на вполне тривиальное русское препятствие – воровство управляющего.
Перед нами – еще один молодой герой: это князь Андрей Болконский, которого друг Пьер навещает, возвращаясь с юга, в имении Болконских – Богучарово. Приняв решение больше не служить после Аустерлица (для формальности он служит на должности по сбору ополчения под началом своего отца), Андрей сосредоточил свои заботы на сыне. Взгляд его – «потухший, мертвый», он мало реагирует на окружающих, на события и мнения. Однако по пути в Лысые Горы Пьеру удается растопить лед в душе князя Андрея и разговорить его. Он делится своими новыми взглядами. Андрей скептически замечает, что если кому и пойдет на пользу отмена крепостного права – так это самим помещикам, развращенным неограниченной властью над крепостными. Самим же крестьянам улучшения жизни и образование не нужны. На пароме во время переправы, пока Пьер вдохновенно произносит монолог «…Мы живём не нынче только на этом клочке земли, а жили и будем жить вечно там, во всем» – князь Болконский испытывает те же чувства, что после Аустерлица и вновь видит «высокое, вечное небо», и что-то хорошее просыпается в его душе. Так начинается для князя Андрея новая жизнь.
Полк Николая Ростова переживает тяжелые времена: от голода и болезней умирают люди и лошади. Денисов идет на преступление, пытаясь перехватить продовольствием, назначенное пехотному полку; избивает в штабе Телянина, за что должен предстать перед судом. Сославшись на ранение, Денисов ложится в госпиталь, где его навещает Николай Ростов. Именно в этот момент начинается череда неожиданных впечатлений, которые приведут к нравственному росту Николая Ростова. В госпитале он видит несчастных больных солдат, лежащих как попало на полу, на соломе. Уговорив Денисова подать государю просьбу о помиловании, Ростов отправляется с этим письмом в Тильзит, где становится свидетелем свидания двух императоров – Александра и Наполеона. Он видит Бориса Друбецкого, который любезно общается со вчерашними врагами – французскими офицерами, видит русского царя, столь же любезного с вчерашним заклятым врагом Бонапартом, и все это раздражает Ростова. Он, видевший голодающих, умирающих от ран солдат, не может понять, зачем нужны были жертвы, если императоры так любезны друг с другом и раздают друг другу и солдатам награды своих стран. Ему посчастливилось передать через знакомого генерала просьбу о помиловании от Денисова царю, но Александр отказывает со словами: «Закон сильнее меня». Все эти события зарождают страшные сомнения в целесообразности войны в душе Ростова. Хотя и мир с Наполеоном вызывает у него и знакомых офицеров недовольство. Прибегнув к вину как средству заглушить сомнения, Николай успокаивает себя тем, что вышестоящие, и особенно государь знают лучше, что нужно делать. «Наше дело – рубиться и не думать», – говорит он.
Интересно, что князь Андрей, скептически высказывавшийся об инициативах Пьера касательно улучшения жизни крестьян, предпринял такие же меры у себя, и, в отличие от Пьера, успешно. Он освободил триста душ крестьян, позволив им вольно трудиться на земле; заменил барщину оброком в других имениях; крестьянских детей начали учить грамоте… Весной 1809 г., проезжая по делам, Болконский по дороге повстречал огромный старый дуб, который мрачно стоял среди нежной зелени, а сам не зеленел. Князь Андрей олицетворяет себя с этим мрачным исполином, в котором, кажется, нет никакой жизни, хоть вокруг и весна.
Однако произошло с виду малозначительное событие, которое имело для души князя Андрея самые важные последствия. Приехав по делам в Отрадное, имение Ростовых, ночью князь Андрей слышит разговор Наташи и Сони, где Наташа восторженно говорит о прелести ночи, и в душе князя Андрея «поднялась неожиданная путаница молодых мыслей и надежд». В июле он вновь встречает знакомый дуб и замечает в нем полное преображение: «сквозь столетнюю жёсткую кору пробились без сучков сочные молодые листья». Князь Андрей решает и для себя, что в 31 год жизнь не кончена, и едет в Петербург. Там он сближается с реформатором, государственным деятелем Сперанским. Восхищаясь Сперанским, князь Андрей принимает участие в комиссии по составлению воинского устава. В это время в Петербурге собираются все главные герои романа: Пьер Безухов, который разочаровался в масонстве и внешне примирился с женой (но внутренне продолжается работа его душевного развития), семья Ростовых – оттого, что старый князь, пытаясь поправить денежные дела, приехал искать место службы.
Берг женится на Вере. Борис Друбецкой начинает ездить к Ростовым, вновь покоренный обаянием Наташи. Наташа вовсе не влюблена в Бориса.
В канун Нового года Наташу впервые вывозят в большой свет, на бал. Она испытывает страх и робость, восторг и волнение. Князь Андрей приглашает её танцевать, и прелесть Наташи покоряет его сердце, Андрей влюблен без памяти! Он делает предложение Наташе, и Ростовы принимают его, но старый князь Болконский ставит условие, что свадьба может состояться только через год. На этот год Андрей уезжает за границу.
Наташа томится от тоски по нему; на святки молодежь развлекает себя поездками по соседям ряжеными, Наташа отвлекается от тоски, но ее мучит мысль о том, что «даром пропадает её лучшее время». Во время святок происходит и еще одна любовная драма: Николай, почувствовав как никогда свою любовь к Соне, решил жениться и объявил об этом матери и отцу. К его огорчению, новость их совсем не радует: Ростовы надеялись, что плачевное финансовое положение семьи будет поправлено женитьбой Николая на богатой невесте. Николай возвращается в полк, а старый граф с Соней и Наташей уезжают в Москву.
Старый Болконский тоже живёт в Москве; он постарел и стал раздражительнее, отношения с дочерью испортились, что мучает их обоих. Когда граф Ростов с Наташей приезжают к Болконским, их ждет недоброжелательный прием: князь не собирается скрывать свое отношение, а княжна Марья страдает от поведения отца, что усиливает неловкость. Наташу больно ранит такой прием; чтобы её утешить, Марья Дмитриевна, в доме которой Ростовы остановились, взяла ей билет в оперу. В театре происходит роковая встреча Наташи и Анатоля Курагина. В гостях у Элен Анатоль преследует Наташу. Слова о любви, письма молодого человека вскружили голову Наташе; Анатоль собирается тайком похитить ее, чтобы тайно венчаться (Анатоль уже был женат, но, конечно же, скрывал этот факт от общества).
Похищению мешает признание Сони, которая случайно узнала о нем. Пьер рассказывает Наташе, что Анатоль женат. Наташа, страдая и стыдясь случившегося, отправляет письмо с отказом от свадьбы княжне Марье. Приехав из-за границы, князь Андрей узнает и об отказе Наташи, и о её романе с Анатолем; он через Пьера возвращает Наташе её письма. Когда Пьер приезжает к Наташе и видит её заплаканное лицо, ему становится жалко её и вместе с тем в нем вспыхивают пока еще неясные ему чувства умиления и счастья.
В конце 1811 г. Западная Европа начала усиленно вооружаться и готовиться к войне. Россия также сосредоточила военную мощь. В 1812 г. миллионы вооруженных людей в неудержимом стремлении двинулись навстречу друг другу. 12 июня 1812 г. войска Западной Европы перешли границу России, и началась война, т. е. «совершилось противное человеческому разуму и всей человеческой породе событие». «Миллионы людей совершали друг против друга такое бесчисленное количество злодеяний, обманов, воровства, поджогов и убийств, которого в целые века не соберет летопись всех судов мира». Автор показывает нам фигуру Наполеона, который интересуется только собой и самонадеянно уверен, что история вершится лишь по его воле. Он – во главе армии.
Андрей Болконский пускается на поиски Анатоля Курагина (из-за которого окончательно расстроилась его свадьба с Наташей): Петербург, Турецкая армия… Поиски тщетны, ведь Анатоль предупрежден Пьером. Воображение князя Андрея рисует сцены дуэли, на которую он собирается вызвать Анатоля. Он отравлен ненавистью и жаждет излить ее.
Теперь князя не посещают мысли о вечности, он гонит их от себя, а стремится заниматься простыми и понятными вещами, и самое привычное для него – военное дело. Он начинает работать при штабе Кутузова. Предстоящую войну Болконский встретит служа в Западной армии, о переводе в которую он сам попросил Кутузова. Тот отпустил его с поручением. Путь князя лежал через Лысые Горы, где он застал такое положение: отец приблизил к себе мадемуазель Бурьен, а с дочерью общается раздраженно и враждебно. Княжна Марья была все та же «робкая, некрасивая стареющая девушка, в страхе и вечных нравственных страданиях, без пользы и радости проживающая лучшие годы своей жизни». Князь Андрей защищает сестру и говорит отцу, что причина недоразумений – француженка. Старый князь не желает слушать и выгоняет сына из своего кабинета.