Одним из решающих событий, снявших психологические тормоза для принятия будущей политики террора в России, явилось убийство царской семьи в Екатеринбурге, произошедшее в ночь с 16 на 17 июля 1918 года. Газета «Беднота», например, опубликовав сообщение о казни бывшего царя, закончила его призывом: «Да здравствует красный террор!».
Историк военно-морского флота М.А. Елизаров пишет: «Представляется, что основа убийства царской семьи была та же, что при убийстве королей во Французской и Английской революциях: по мере углубления развала, вызванного революцией и обнаружения кровавой цены за отказ от пришедшего в упадок старого строя, в социальных низах сравнительно благодушное отношение к свергнутым монархам меняется на желание персонифицировать в них причину выпавших на долю народа тягот и соответствующим образом их наказать. Для широких масс и революционеров казнь монарха являлась залогом того, что возврат к старому уже невозможен, а, следовательно, в подсознании действовал успокаивающий фактор, что не будет спроса за развязывание «смуты». Западные страны, видя, что над царской семьей нависла опасность, не поднимали особенного шума по этому поводу, так как им не нужен был царь, символизирующий единую, неделимую, сильную Россию».
На это событие оказал определенное влияние матросский фактор. Роль здесь играли, прежде всего, общие проявления матросского экстремизма. Так, колчаковский генерал М.К. Дитерихс, занимавшийся расследованием убийства, называет его причиной очерствение народа, вызванного Кронштадтскими, Выборгскими, Севастопольскими и другими событиями, совершёнными «матроснёй и чернью». Некоторые историки правомерно видят связь между событиями 6–7 июля и происшедшим через десять дней убийством царской семьи. Но была и непосредственная причастность моряков к трагичной судьбе царской семьи.
Матросы еще со времени Февральской революции из соображений революционной бдительности очень интересовались судьбой Николая II и его родственников, несмотря на последующую ссылку царской семьи в Тобольск. После Октября, откликаясь на желание матросов, Петроградский ВРК обратился в Совнарком с предложением о переводе Романовых под охрану в Кронштадт, а затем 21 ноября предписал Севастопольскому ВРК арестовать великого князя Николая Николаевича и «других контрреволюционеров», находящихся в Крыму. 30 ноября Совнарком обсуждал вопрос «О переводе Николая II в Кронштадт», но признал перевод преждевременным, стремясь успокоить матросов рядом публикаций, опровергающих слухи о бегстве царя из Тобольска. Причем кадеты, например, считали, что данные слухи «были пущены с определенной целью – дать большевикам возможность спешно провезти в Сибирь несколько отрядов с матросами в целях борьбы с вождями Сибирской республики».
Однако Совнаркому было тогда не под силу прекратить стремление матросов взять царскую семью под контроль. Газеты писали об отправке матросов для того, чтобы стеречь бывшего царя, и обыватель считал, что это пахнет «тем, что Николая укокают, как Духонина».
Большое внимание вопросу ссылки Николая II уделял, например, уже упоминавшийся нами выше Северный летучий отряд мичмана С.Д. Павлова во время экспедиции его на дутовский фронт в конце 1917 года. На Урале во время «чисток буржуазии» матросы задерживали всех мало-мальски подозрительных лиц, имеющих отношение к Тобольску. Таким образом, они, не подозревая об этом, действительно сорвали попытку группы офицеров вывезти бывшего царя. 11 декабря матросы торжественно проводили специально выделенный для Тобольска отряд с комиссаром Я. Запкусом, которому С.Д. Павлов вручил боевое Красное знамя. В этой деятельности Северный летучий отряд опирался на поддержку других моряков, которых в 1917–1918 годах вообще скопилось много на Урале, и которые принимали активное участие во всех происходящих здесь революционных событиях. В начале апреля 1918 года делегированный Центробалтом матрос И.П. Сапожников с группой уральских красногвардейцев отправился в Березов, находившийся по Оби ниже Тобольска, с целью недопущения попытки вывоза царской семьи на английском крейсере. Но отряд Я. Запкуса так и не достиг Тобольска, отряд И.П. Сапожникова и вовсе был арестован в Березове местными властями. Местное население в отношении охраны бывшего царя проявляло сверхбдительность и революционный «имидж» матросов здесь не срабатывал. Тем более что при наследнике присутствовали матросы И.П. Седнев и К.Г. Нагорный (до ареста их 28 мая).
Большую роль в решении судьбы Николая II сыграл матрос-большевик с линкора «Заря свободы» П.Д. Хохряков. П.Д. Хохряков в 1917 году, при участии Я.М. Свердлова, был делегирован в Екатеринбург, стал там начальником Центрального штаба Красной гвардии и членом исполкома совета. В марте 1918 года он с отрядом, основу которого составляли матросы и латыши, отправился в Тобольск для «ликвидации монархического заговора». В начале своей миссии П.Д. Хохряков встретил мощное сопротивление конкурировавших между собой местных советских властей, прибывшего ранее омского отряда, охраны царской семьи во главе с особым комитетом, и не только не был сразу признан и допущен к царю, но – чуть ли не арестован. Ему пришлось пробираться в Тобольск подпольно, совершив фиктивный брак, затем избираться председателем Тобольского совета и только потом он смог решать вопросы, связанные с судьбой царя.
Впрочем, едва П.Д. Хохряков вошел во власть, теперь уже он встретил «в штыки» прибывшего в Тобольск 22 апреля нового претендента на контроль за царской семьей, присланного Москвой комиссара В.В. Яковлева, у которого были самые авторитетные мандаты за подписями В.И. Ленина и Я.М. Свердлова. Более того, П.Д. Хохряков хорошо знал В.В. Яковлева по общему революционному прошлому. В исторической литературе В.В. Яковлева оценивают по-разному. Историк М.А. Елизаров дал ему наиболее верное определение – «гуманный авантюрист». Отметим, что В.В. Яковлев, несмотря на то, что ни дня не служил на флоте, постоянно носил матросскую форму и по фигуре и манере поведения окружающие его принимали за матроса. С Яковлевым в Тобольск прибыл и отряд в сто человек, состоящий из матросов и латышей. Заметим, что В.В. Яковлев выдвинулся в комиссары высокого ранга во многом именно пройдя школу руководства матросскими отрядами во время Октябрьской революции, а также закрепления Советской власти в Петрограде. Неприятие и игнорирование Яковлева является наглядным показателем того, что для П.Д. Хохрякова Екатеринбург и местные власти с их более радикальной позицией были уже намного авторитетнее Москвы. Дело едва не дошло до прямого столкновения с отрядом В.В. Яковлева с целью его ареста, когда обнаружилось, что В.В. Яковлев пытается самочинно вывезти бывшего царя через Омск. В конце-концов, после долгих и трудных согласований, телеграфных переговоров с Екатеринбургом и Москвой, попыток объявления Уралоблсоветом В.В. Яковлева изменником, он доставил Николая II с женой и одной из дочерей в Екатеринбург. Затем, в двадцатых числах мая П.Д. Хохряков с отрядом доставил туда остальных членов царской семьи с окружением. Причем ближайшим помощником П.Д. Хохрякова был матрос Родионов, который, по словам М.К. Дитерихса, был участником убийства Н.Н. Духонина и особенно издевательски относился к царской семье. В Екатеринбурге царская семья, как известно, была помещена в дом Ипатьева, и там начался ее хорошо известный «путь на Голгофу».
История конфликта лжематроса В.В. Яковлева с матросом П.Д. Хохряковым и его сторонниками в Тобольске, носит яркий отпечаток матросской «левой» инициативы с обеих сторон. Историк М.А. Елизаров и считает, что данный конфликт имел самые трагические последствия для семьи Николая II. В этот конфликт были невольно втянуты Председатель ВЦИК, советские власти таких мощных регионов, как Урал и Западная Сибирь. Именно межличностный конфликт лжематроса и матроса накалил отношения между ними, накалил и общую политическую обстановку.
М.А. Елизаров пишет: «Спор за бывшего царя выиграл Уралоблсовет. Главным средством, которое позволило ему это сделать, явилась предельно «левая» позиция, проявление сверхреволюционной бдительности по отношению к монархическим заговорам для освобождения царя. Но заговоры так и не были обнаружены, а необходимость и дальше проявлять крайне левую позицию, быть последовательным в отношении Николая II, для Уралоблсовета осталась. Очевидно, это сыграло немалую роль в принятии решения о казни царской семьи».
Сам же П.Д. Хохряков, как и большинство комиссаров, общавшихся с царской семьей, склонялся к реабилитации Николая II. Во всяком случае, доставив детей бывшего царя со свитой в Екатеринбург и, возможно, почувствовав ожидавший их конец, он потерял интерес к «проблеме царя», и вскоре вернулся к знакомой флотской работе – возглавил флотилию, образовавшуюся в Тюмени на реке Туре. В дни красного террора П.Д. Хохрякову иногда приписывают руководство расстрелом в Перми 4 сентября 1918 года части свиты царской семьи, не попавшей в дом Ипатьева. Но в отношении других родственников царя матросы играли скорее позитивную роль. В частности, так было в Перми (районе Мотовилихи), где началось истребление Романовых с убийства в начале июля 1918 года последнего официального русского царя Михаила. Организовавший убийство Михаила, под видом его побега, председатель Мотовилихинского исполкома Г.И. Мясников писал, что у него были трудности с охраной Михаила из 12 человек «во флотской одежде». Матросы арестовали Михаила еще в Гатчине после «мятежа Керенского- Краснова». Однако затем их основной целью стала… охрана Михаила от возможных самосудов.
Период пребывания царской семьи в доме Ипатьева в Екатеринбурге до ее расстрела также не обошелся без участия матросов. Он достаточно подробно исследован в исторической литературе. Главными непосредственными организаторами убийства Николая II и его семьи были Я.М. Юровский и его ближайшие помощники П. Ермаков (имевший, в частности, опыт совместной с матросами борьбы с «контрреволюцией» в январе 1918 года в районе Нижнего Тагила) и соратник П.Д. Хохрякова матрос-чекист М.А. Медведев (Кудрин). В числе непосредственных организаторов убийства и захоронения царской семьи значится и кронштадтский матрос С. Ваганов. В «расстрельно-похоронной» и охранной командах так же были и другие матросы. Отметим, что в ходе дальнейшей Гражданской войны время от времени объявлялись матросы, которые утверждали, что они участвовали и в расстреле царской семьи. М.А. Елизаров считает, что «большинство таких фактов было, скорее всего, безосновательным хвастовством. Но общая действительная причастность матросов к судьбе царя поддерживала эти слухи и в целом продолжала работать на мессианскую роль матросов в дальнейших событиях». Что касается матроса П.Д. Хохрякова, то он вскоре погиб в бою. Из воспоминаний бывшего командира батальона 1-го Горного полка С.Г. Пичугова: «П.Д. Хохряков увидел со своего командного пункта отходящих красноармейцев-алапаевцев и побежал к ним наперерез. Поднявшись на насыпь железнодорожного полотна, размахивая маузером, он зычно закричал алапаевцам: «Вперед!», пересыпая свои приказания крепкими матросскими выражениями. Вдруг Хохряков, как-то неловко и резко повернулся и, хватая ртом воздух, упал на линию между рельс. Я понял, что он ранен и, громко крикнув по цепи санитара, пополз к Хохрякову. Хохряков лежал вниз лицом, раскинув руки. Я начал его осторожно переворачивать, чтобы стащить с насыпи. Хохряков открыл на миг глаза, вопросительно посмотрел на меня, попытался что-то сказать, но не мог. Он с трудом выдохнул одно слово: «Не надо». Взор его помутился».