Конец 638 и следующий 639 г. арабы посвятили вторичному завоеванию городов Финикийского побережья. Установить с точностью даты захвата каждого города нам не представляется возможным. По-видимому, еще до окончательного их завоевания в Палестине в 639 г. началась эпидемия чумы, вошедшая в историю под названием «амавасской язвы», поскольку особенно она свирепствовала в арабском лагере Амавас (Эммаус). От этой эпидемии умерло около 25 тыс. арабов, в том числе Абу-Убейда-ибн-ал-Джаррах, Шурахбиль-ибн-Хасана и некоторые другие полководцы, в результате чего враг, по словам арабских источников, получил надежду одолеть мусульман. Ромеи, занимавшие еще часть побережья, вновь двинулись в наступление и захватили, возможно при содействии местных жителей, город Кесарию Филиппову в Северной Палестине. В это же время против арабов восстали жители Тивериады (ар. Табария). Это восстание было быстро подавлено.
Когда Абу-Убейда умер от чумы, Язид принял на себя должность верховного главнокомандующего. По-видимому, после подавления восстания в Тивериаде Язид лично осадил Кесарию Филиппову. Во время осады он заболел и передал командование своему брату Муавии. Муавия взял Кесарию и известил об этом брата, бывшего в то время уже при смерти. Затем на побережье он взял Ирку.
После смерти Язида Муавия был утвержден Омаром в должности командующего. В это время он продолжал борьбу за отвоевание у византийцев побережья. Одновременно в конце 639 г. Амр-ибн-ал-Ас начал завоевание Египта. Занятые борьбой за Египет, ромеи уже не могли перебросить отсюда часть войск в Сирию, как в 638 г., и потому города побережья один за другим переходили под власть арабов. К началу 641 г. сопротивление продолжали лишь Кесария Приморская, Аскалон, Триполи и Арад (Арвад).
В 639 г. началось также завоевание Северной Месопотамии (ал-Джазиры). Еще в 638 г. после отражения ромейского десанта под Эмесой Абу-Убейда послал для завоевания еще незавоеванной части Сирии полководца Ияда-ибн-Ганма-ал-Фихри. Когда его войска достигли Евфрата, жители ал-Джазиры решили не допустить вторжения в их область. Так как неудача под Эмесой показала, что арабы – грозные противники, они решили заключить с Иядом мирное соглашение. К этому их побуждало то, что ал-Джазира раньше уже подвергалась нападению арабов со стороны Ирака (см. выше) и сражаться на два фронта при небольшой численности ромейских войск, бывших в Месопотамии, не представлялось возможным. Правитель (эпитроп) Осроены Иоанн явился к Ияду в Киннесрин и заключил с ним соглашение, по которому выдал ему всю годовую подать, которую раньше посылал в Константинополь, а Ияд обязался в течение годового срока не переходить Евфрат.
Обязательство выплачивать подать, размер которой составлял 100 тыс. динариев, арабам было для византийского правительства равносильным потере своих заевфратских владений. Когда Ираклий узнал о состоявшемся соглашении, он немедленно сместил Иоанна и отправил его в ссылку в Африку, а на его место назначил военачальника Птолемея.
По истечении года Ияд уже не получил указанной суммы и потому разорвал перемирие. По свидетельству арабских источников, он в месяце шабане (августе) 639 г. перешел Евфрат с пятитысячным отрядом и осадил Ракку (Каллиник). Если учесть, что впоследствии войско Ияда уничтожало и брало в плен людей в несколько раз больше 5000, то станет ясно, что после перехода Евфрата он получал значительные подкрепления. Впрочем, число 5000 может быть обычным преуменьшением мусульманских авторов.
После того как Ракка сдалась по договору, Ияд двинулся к Эдессе. Воинских сил в распоряжении Птолемея было явно недостаточно, и поэтому население после недолгого сопротивления решило капитулировать. Ияд принял условие жителей Эдессы выпустить из города Птолемея и ромейских воинов и заключил с ними договор о сдаче. Одновременно капитулировал Харран. Затем после осады сдалась Самосата – стратегически важный пункт к северу от Эдессы. С ее захватом Месопотамия была отрезана от Византии, и завоевать ее не составляло труда, что вскоре и осуществилось. Большинство городов сдалась по договору. Исключением явились лишь Телла-Маузелат и Дара, где византийские гарнизоны оказали ожесточенное сопротивление (о сопротивлении их жителей источники не упоминают). После взятия этих городов арабы перебили защищавших их ромеев.
Ромеи сделали еще одну попытку вернуть себе Месопотамию. Византийский полководец Валентин двинулся с запада. Одновременно армянское войско военачальника Давида вторглось в Месопотамию с севера. Ал-Балазури свидетельствует о том, что в некоторых местностях жители нарушили договоры о капитуляции. Вероятно, они решились на это, считая, что войско Давида поможет им изгнать арабских завоевателей. Столь ярко выраженная антиарабская позиция жителей местности, сдавшейся незадолго перед тем при самом минимальном сопротивлении, объясняется, по-видимому, тем, что арабы уже через несколько дней после взятия Эдессы взыскали новую подать в размере 100 тыс. динаров, что не могло не вызвать недовольства населения. Однако войско Давида вело себя ничуть не лучше неприятелей. Сирийские хроники оставили яркие описания грабежей и насилий, чинимых воинами Давида по пути их следования. Это привело к обострению отношений между ними и сирийцами. Давида резко порицал полководец Тит, сириец родом, которого хроника 1234 г. называет военачальником одного из городов. По-видимому, он командовал местным ополчением, присоединившимся к армянскому войску. Тит говорил: «Неправильно, что ты, будучи христианином и служа христианскому царю, против христиан обращаешь опустошение и допускаешь твоим воинам губить христиан, согрешая Ромейскому государству, и царь не похвалит тебя, когда услышит это». Под влиянием Тита Давид запретил своим воинам грабить мирное население. Однако, судя по тому, что и после этого его войско имело много награбленного добра, это запрещение не выполнялось. Отношения между двумя полководцами окончательно испортились.
Тем временем Ияд выступил против Валентина и обратил его в бегство. Затем арабы двинулись против Давида, расположившегося лагерем у селения Бет-Маад. Его войско, окончательно разложившееся под влиянием безнаказанного мародерства, бежало при приближении неприятеля, бросив лагерь с награбленным добром. Войско Тита было лучше дисциплинировано и потому устояло перед арабским натиском. Не задерживаясь перед брошенным лагерем, арабы настигли бежавших армян и, по выражению хроники 1234 г., резали их как овец. Понимая обреченность армянского войска и не желая идти на верную гибель, Тит отказал Давиду, просившему у него помощи. Возможно, при этом он также руководствовался чувством личной неприязни к армянскому полководцу. Арабы полностью истребили войско Давида и убили его самого. Войско Тита сумело спастись и организованно отступило в Амид. Дальнейшая его судьба неизвестна, т. к. источники о нем больше не упоминают. Амид, впрочем, был вскоре занят арабами. Эти события имели место, вероятно, в конце 640 – начале 641 г. Ияд усмирил многие восставшие местности и, по-видимому, после взятия Амида вернулся в Эмесу, где и умер в 20 г. Р. X. (641 г. н. э.). По другой версии, он был убит в Амиде.
Преемником Ияда в Месопотамии стал Саид-ибн-Амир, который также вскоре умер. Его сменил Умайрибн-Сад ал-Ансари, которому удалось подавить последние очаги сопротивления, после чего завоевание месопотамских владений Византии по существу было закончено.
Одновременно с Месопотамией арабы начали завоевание Египта. 12 декабря 639 г. Амр-ибн-ал-Ас из Палестины вторгся в Египет и осадил город Пелусий (ар. ал-Фарама). Его отряд был невелик. Арабский историк Ибн-Абд-ал-Хакам (IX в.) пишет, что у Амра было всего 3,5 или 4 тыс. воинов. Однако в Египте на его сторону перешла значительная часть местного населения, в результате чего в начале 640 г. Пелусий пал. Византийский полководец Иоанн Варкайна погиб в сражении.
Затем арабы осадили Фелбес (Билбайс). Сменивший Иоанна Варкайну полководец Марин (до Египта он командовал византийскими войсками во Фракии) также был разбит и едва спасся бегством. Император Ираклий сместил его с должности и послал в Египет своего кувикулярия (постельничего) Мариана. Кроме приказа принять войска под свою команду Мариану было предписано советоваться по всем делам с патриархом Киром, пользовавшимся в Египте большим влиянием.
К тому времени халиф Омар прислал Амру подкрепление. Вместе с присоединившимися к ним египтянами арабы представляли теперь грозную силу. Политика религиозных преследований, проводившаяся по инициативе Кира, немало способствовала тому, что часть монофиситов перешла к арабам. Были и другие причины перехода. Некоторые представители местной знати преследовали корыстные цели и, перейдя к арабам, впоследствии заняли выгодные должности в арабском государственном аппарате. После перехода Египта под власть Халифата они жестоко угнетали собственный народ. На сторону арабов перешли даже некоторые представители византийской администрации, видевшие слабость ромейской державы и стремившиеся сохранить свои должности при завоевателях.
В этих условиях Кир сделал вывод о невозможности отразить нашествие чисто военными силами. Он завязал переговоры с Амром, предлагая заплатить дань, если тот удалится из Египта на три года. Чтобы привлечь Амра на сторону ромеев, он предложил ему жениться на дочери императора Ираклия Евдокии и принять христианство. От последнего предложения арабский предводитель отказался.
Когда Ираклию стало известно о переговорах, он обвинил Кира в измене и сослал его на запад Африки. В Египте повторилось то, что имело место при завоевании арабами ал-Джазиры. Возобновив военные действия, Мариан погиб в сражении и с ним множество воинов.
После его гибели командование принял на себя некий Феодор. Ромейские войска к тому времени были полностью деморализованы. Полководцы ссорились между собой, воины часто спасались бегством, предпочитая не вступать в сражение с неприятелем. Арабские отряды распространились по всей стране, грабили и убивали население. В Верхнем Египте им удалось занять город Оксиринх (ар. ал-Бахнаса). Все попытки Феодора отвоевать его у арабов окончились неудачей.