В конфликт оказались вовлеченными и части дислоцированной в Молдавии 14-й российской армии. По некоторым сведениям, ее командующий генерал-майор Неткачев участвовал в безвозмездной передаче Молдове вооружения бывшей Советской армии (согласно приказу главкома Объединенных вооруженных сил СНГ Евгения Шапошникова). К 15 апреля 1992 года Молдове были, в частности, переданы: 32 152-мм пушки-гаубицы Д-20, 21 152-мм пушки «Гиацинт» 2АЗ 64-й (артиллерийский полк, г. Унгены); 28 реактивных систем залпового огня «Ураган» калибра 280-мм, 1 БМВ «Катюша» (603-й реактивный полк г. Унгены), 2 зенитных ракетных дивизиона С-200, 3 зенитных ракетных дивизиона С-75, 4 зенитных ракетных дивизиона С-125 (275-я зенитная ракетная бригада, г. Кишинев), 31 самолет МиГ-29, 2 самолета МиГ-29УБ (86-й истребительно-авиационный полк, г. Муркулешты), 4 вертолета Ми-24, 4 вертолета Ми-4 (вертолетный отряд, г. Кишинев), а также различное стрелковое оружие, в том числе 27 РПГ-7, 2714 автоматов Калашникова АК-74, 50 пулеметов, 882 пистолета Макарова. Помимо этого, дислоцировавшийся в Кишиневе российский парашютно-десантный полк оставил около 50 БМД, 20 единиц БТР-60-ПБ, 18 единиц 122-мм гаубиц Д-30, 6 единиц 120-мм орудий «Нона». Вновь создаваемая молдавская армия получила и оружие из Румынии. В частности, бронетранспортеры и партию танков Т-55
1 апреля в Бендеры вошло подразделение молдавской полиции в сопровождении двух бронетранспортеров. Полиция предприняла попытку разоружить приднестровских гвардейцев. В перестрелку попал автобус с рабочими хлопкопрядильной фабрики. Были погибшие и раненые с обеих сторон. 30 апреля у села Карагаш в окрестностях Тирасполя боевиками из так называемой «группы Шашку» был убит приднестровский политик Николай Остапенко. В Приднестровье началась мобилизация. 14 тысячам рабочих было выдано оружие. По приказу Приднестровского командования были взорваны мосты через Днестр у Криулян и села Бычок. Была организована оборона плотины Дубоссарской электростанции и рыбницкого моста.
В свою очередь, с марта по апрель 1992 года в молдавскую армию было призвано около 18 тысяч резервистов. 23 мая распоряжением Мирчи Снегура в оперативное подчинение Министерству обороны были переданы подразделения Министерства внутренних дел и Министерства национальной безопасности.
В мае 1992 года после трехдневного артиллерийского обстрела города Дубоссары пятнадцатитысячная толпа местных жителей перегородила дорогу возвращающимся с полигона танковой и мотострелковой ротам 14-й армии. Было захвачено 10 танков Т-64БВ и 10 БТР-70. Сразу же была сформирована бронегруппа. Ее бросили в район, откуда велся интенсивный обстрел. Бронегруппе удалось подавить артиллерию Молдовы. Но не обошлось без потерь. Неустановленным противотанковым средством один из Т-64 был подожжен. В результате сдетонировал боекомплект, и танк был уничтожен.
К концу весны 1992 года театр военных действий охватывал левобережные села Рога, Кочиеры, По-гребы, Кошница, Пырыта и Дороцкое на подступах к Дубоссарам, а также правобережный город Бендеры с селами Гиска и Кицканы. Систематическим артобстрелам подвергались жилые кварталы приднестровских райцентров Дубоссары и Григориополь. Попытка разведения конфликтующих сторон в Бендерах при помощи военных наблюдателей России, Украины, Молдовы и Румынии результатов не дала.
В начале лета парламентарии Молдовы вместе с приднестровскими депутатами утвердили основные принципы мирного урегулирования, которые предусматривали разъединение противоборствующих сторон, расформирование добровольческих военизированных формирований и возвращение беженцев к местам постоянного проживания
Однако 19 июня приднестровские гвардейские формирования и другие военизированные подразделения предприняли яростную атаку на местное отделение полиции. По приднестровским же источникам, в тот день полицейские Молдовы захватили офицера гвардии ПМР, а группа гвардейцев, прибывшая к нему на помощь, была обстреляна.
После этого руководством Республики Молдова был отдан приказ о проведении операции в г. Бендеры. В 19.00 того же дня по Кишиневской и Каушанской трассам в Бендеры вошли молдавские колонны бронетранспортеров, артиллерии, танков Т-55.
В течение нескольких часов город был занят подразделениями и частями молдавской армии. Беспорядочная стрельба из всех видов оружия привела к огромному количеству жертв среди мирного населения. Массированные удары молдавские части наносили по зданию горисполкома, казармам гвардейцев, горотделу милиции.
На рассвете 20 июня части армии Молдовы захватили вокзал Бендеры-1, Жилсоцбанк. Огонь вели танки, САУ, БТРы. Из села Липканы проводился минометный обстрел города. Одна из мин попала в склад ГСМ в/ч 48414 14-й армии России, что привело к гибели российских солдат. Несколько танков вооруженных сил ПМР пытались прорваться в Бендеры на помощь обороняющимся, но были остановлены огнем противотанковых пушек «Рапира».
Днем части молдавской армии предприняли штурм Бендерской крепости, где располагалась ракетная бригада 14-й армии. При отражении атаки с российской стороны были убитые и раненые. От случайно залетевших на территорию войсковых частей Российской армии снарядов получили ранения еще несколько военнослужащих. Тем не менее части 14-й армии продолжали занимать позицию строгого нейтралитета.
В то же время женщины из так называемого «Бендерского забастовочного комитета» помогли гвардейцам, казакам и ополченцам захватить несколько единиц боевой техники 59-й мотострелковой дивизии Российской армии. Эта техника двинулась из Тирасполя к Бендерам, смяв обе батареи молдавской артиллерии на мосту, пробилась к осажденному зданию горисполкома. Танки прорвали кольцо осады. Наиболее ожесточенные бои развернулись возле городского отдела полиции. Приднестровцы стянули туда все что смогли: около двухсот человек пехоты, взвод танков Т-64БВ (один вскоре вышел из строя и ушел на ремонт в Тирасполь), две БМП-1, «Шилку», четыре МТЛБ. Молдавские войска стали отступать. К утру 21 июня они контролировали лишь два микрорайона Бендер и пригородное село Варница.
В воскресенье, 21 июня, бои за город продолжались. Около 12.00 начался минометный обстрел Ленинского микрорайона. В городе действовали молдавские снайперы, стрелявшие по любой движущейся цели. Из-за непрекращающихся боевых действий было невозможно убрать трупы на улицах, что в 30-градусную жару создавало угрозу эпидемии.
22 июня артобстрелу подверглось болгарское село Парканы. 23 июня перед ВВС Молдовы была поставлена задача разрушить стратегически важный мост через Днестр, связывающий Приднестровье с Бендерами. Для нанесения удара были задействованы два самолета МиГ-29, которые несли по шесть бомб ОФАБ-250. Для контроля за результатами налета в операции принял участие один МиГ-29УБ.
В 19.15 молдавские пилоты произвели бомбометание, но неточно, и мост остался цел, а все бомбы упали на близлежащее село Парканы. Прямым попаданием был уничтожен дом, в котором погибла вся семья. Официальные лица Молдовы поначалу отрицали причастность своих ВВС к налету; однако потом военный министр Республики Молдова признал факт разрушения дома, но отверг заявления СМИ о гибели людей.
С 23 июня наблюдалось относительное затишье. Городской совет сумел договориться с отделом полиции о прекращении огня, чтобы похоронить убитых, число которых за прошедшую ночь достигло трехсот. В городе не было электроэнергии, не работала телефонная связь, был отключен газ. По-прежнему действовали снайперы. Местная полиция, удерживая часть города при поддержке отряда полиции особого назначения (ОПОН), минировала улицы, воздвигала баррикады, оборудовала окопы.
29 июня затишье закончилось: около 19 часов молдавская армия возобновила массированный обстрел города из гаубиц, минометов, гранатометов и стрелкового оружия. Вооруженным формированиям ПМР удалось подавить некоторые огневые точки противника лишь через три-четыре дня.
В начале июля вновь была достигнута договоренность о прекращении огня, которая, однако, постоянно нарушалась не только в Бендерах, но и по всей линии противостояния вплоть до Дубоссар. В Бендерах части Молдовы планомерно уничтожали предприятия, оборудование которых не удалось вывезти. В течение всего месяца в разных районах города велись бои.
21 июля президентами России и Молдовы Борисом Ельциным и Мирчой Снегуром было подписано соглашение «О принципах мирного урегулирования вооруженного конфликта в Приднестровском регионе Республики Молдова».
Предпринятая в июле попытка молдавской армии взять Бендеры не увенчалась успехом. Новый командующий 14-й армией генерал-майор Александр Лебедь приказал блокировать подступы к городу и мост через Днестр.
Россия, Молдова и Приднестровье объявили полосу вдоль Днестра зоной безопасности, контроль за которой был поручен трехсторонним миротворческим силам в составе российских, молдавских и приднестровских контингентов под наблюдением Объединенной контрольной комиссии (ОКК). В Бендерах был введен «специальный режим».
По разным оценкам, потери в ходе конфликта были следующими. На середину июля 1992 года с обеих сторон погибло 950 человек, около 4,5 тысячи ранено. Только приднестровская сторона потеряла около 500 человек погибшими, 899 были ранены, а около 50 пропали без вести, однако эксперты считают, что реальные потери были большими. Уничтожено и повреждено 1280 жилых домов, из которых 60 полностью разрушены. Разрушено 19 объектов народного образования (из них 3 школы), 15 объектов здравоохранения Повреждены 46 предприятий промышленности, транспорта, строительства. Не подлежали восстановлению 5 многоэтажных жилых домов государственного жилого фонда, 603 государственных дома были повреждены частично. Городу был причинен ущерб на сумму, превышающую 10 миллиардов рублей по ценам 1992 года.
Поражение на парламентских выборах 1994 года Народного фронта и приход к власти аграрно-демократической партии, более лояльной к национальным меньшинствам, создали условия для мирных переговоров Кишинева с двумя обособленными от нее регионами: Гагаузией и Приднестровьем.