Надо отметить, что в ходе затяжного конфликта с молдавскими властями, гагаузы — тюркоязычный народ христианского вероисповедания — добились согласия на особый статус Гагаузии («автономно-территориальное образование») в составе Молдовы.
В декабре 1994 года молдавский парламент принял «Закон об особом статусе территории», на которой компактно проживают гагаузы. В соответствии с законом, в случае изменения политического статуса самой Молдавией (то есть если она когда-либо примет решение о присоединении к Румынии) Гагаузии гарантируется право на внешнее самоопределение.
Следует подчеркнуть, что гагаузская автономия является исламоопасной зоной Молдавии. Известно, что весь период переговоров о статусе этой автономии крайне высокую заинтересованность в проблеме проявляли Турция и в меньшей мере Саудовская Аравия.
Гагаузии разрешено иметь собственную национальную символику, законодательные собрания, действующие в рамках конституции республики. Официальными языками на ее территории признаны молдавский, гагаузский и русский. Считается, что исход гагаузского вопроса — модель, которую можно будет применить и на Приднестровье, переговоры по особому статусу которого продолжаются.
4 февраля 1993 года было принято решение о направлении в Молдову долговременной миссии ОБСЕ. Венская группа комитета на своей встрече 11 марта 1993 года утвердила мандат миссии, в котором изложены ее задачи. В соответствии с ним цель миссии — облегчить достижение прочного всеобъемлющего политического урегулирования конфликта во всех его аспектах. При этом имелось в виду сохранение территориальной целостности Молдовы в сочетании с признанием особого статуса Приднестровского региона.
Миссия приступила к работе в Кишиневе 25 апреля 1993 года.
7 мая 1993 года с правительством Молдовы был подписан Меморандум о взаимопонимании, определивший конкретные условия деятельности миссии на территории Молдовы в рамках ее мандата. 25 августа 1993 года после обмена письмами между руководителями миссии и президентом ПМР Игорем Смирновым вступила в силу договоренность о деятельности миссии ОБСЕ в Приднестровском регионе Республики Молдова.
Меморандум о принципах нормализации отношений, подписанный 8 мая 1997 года в Москве в присутствии президентов России и Украины Бориса Ельцина, Леонида Кучмы и руководства ОБСЕ, признавал Молдову единым государством, включая самопровозглашенную Приднестровскую республику. Однако в нем говорилось, что о разделе полномочий и о статусе приднестровцев нужно будет еще договориться.
В конце сентября 1997 года состоялась встреча президентов Молдовы и ПМР Петра Лучинского и Игоря Смирнова, которая завершилась подписанием протокола, содержащего ряд важных для процесса урегулирования моментов. Была достигнута договоренность о проведении регулярных (раз в месяц) встреч руководителей Молдовы и Приднестровья, подготовке совместных шагов по снижению напряженности и военного противостояния в зоне безопасности, о новом раунде переговоров на экспертном уровне по проекту промежуточного документа о разграничении предметов ведения и взаимном делегировании полномочий между Кишиневом и Тирасполем.
В результате последовавших переговоров в подмосковном селе Мещерино (6—10 октября 1997 года) сторонам при помощи посредников удалось согласовать проект промежуточного соглашения по урегулированию конфликта, который предполагалось подписать в ходе саммита СНГ в Кишиневе 23 октября. Однако приднестровская сторона в последний момент отказалась от ранее достигнутых договоренностей и дезавуировала подписи своих представителей.
В начале февраля 1998 года Кишинев ввел акцизы на товары, следующие в Приднестровье, чем еще более усугубил и без того тяжелое экономическое положение самопровозглашенной республики. В ответ Игорь Смирнов принял «адекватные меры» и распорядился взимать пошлины с грузов, идущих в Молдову из стран СНГ через левобережье Днестра, и к тому же сократил на 20 % подачу электроэнергии «за невозвращенные долги».
19—20 марта 1998 года состоялась четырехсторонняя (Молдавия, Приднестровье, Россия, Украина) Одесская встреча по приднестровскому урегулированию. В ходе этой встречи были достигнуты важные договоренности и подписаны документы по укреплению мер доверия между сторонами, а также предприняты попытки решения военно-имущественных вопросов, связанных с пребыванием Объединенной группы российских войск (ОГРВ) на территории Республики Молдова.
Согласно соглашению, стороны договорились в течение двух месяцев сократить состав миротворческих сил Молдовы и Приднестровья до 500 военнослужащих с каждой стороны, со штабной боевой техникой и вооружением. Участники встречи обязались содействовать тому, чтобы как можно скорее из Приднестровья было вывезено чрезмерное российское имущество. Украина выразила готовность обеспечить его транзит через свою территорию. Сокращалось и количество контрольно-пропускных пунктов и пограничных постов. Их заменили мобильные патрули, а это значительно упрощало перемещение и людей, и товаров. Был предложен также план строительства автомобильного моста через реку Днестр в районе города Дубоссары.
20 марта 1998 года российский премьер и лидер Приднестровья Игорь Смирнов подписали протокол договоренностей по военно-имущественным вопросам. Согласно достигнутому соглашению, все оружие принадлежащее российским миротворцам в Приднестровье, было разделено на три части: к первой группе было отнесено вооружение, боеприпасы и имущество группы российских войск, которое оставалось в неприкосновенности, вторую составило военное оборудование, подлежащее безусловному вывозу на территорию России, а в третью вошли излишки вооружения, которые либо уничтожались на месте, либо были проданы. Доходы от их реализации Россия и Приднестровье делили поровну. Приднестровская сторона обязывалась не чинить препятствий вывозу российского оружия.
20 ноября 2003 года лидеры Молдовы и Приднестровья получили от МИД России новый Меморандум урегулирования приднестровского конфликта, разработанный Дмитрием Казаком, занимавшим в то время пост заместителя руководителя администрации Президента Российской Федерации. Суть российского миротворческого плана предполагала превращение Молдовы в федеративное государство с двумя субъектами федерации — Приднестровской республикой и Гагаузией. ПМР и Гагаузия получили бы особый статус и возможность блокировать законопроекты, нежелательные для автономий. Молдова обязывалась соблюдать нейтралитет и демобилизовать армию, а также предоставить России право на размещение российских войск на территории Приднестровья сроком на 20 лет в качестве «гаранта» урегулирования конфликта. Буквально в последний момент, под давлением ОБСЕ и студенческих протестов, президент Молдовы Владимир Воронин отказался от подписания соглашения, заявив, что оно дает односторонние преимущества ПМР и имеет скрытую цель — признание независимости Приднестровья.
Переговоры возобновились лишь в 2005 году на базе предложений, представленных украинским президентом Виктором Ющенко. Согласно новому плану до августа 2005 года парламент Молдовы должен был принять закон об особом статусе Приднестровья, по которому региону должны быть оставлены флаг, герб и три государственных языка — русский, украинский и молдавский. В случае, если Молдова перестанет быть самостоятельным государством, Приднестровье сможет выйти из ее состава. В декабре 2005 года ПМР под контролем международных наблюдателей должна была провести досрочные выборы в парламент, а Молдова обязывалась признать их результаты. Затем Молдова и ПМР при участии России, Украины и ОБСЕ должны были провести разграничение полномочий между сторонами в рамках закона о статусе Приднестровья. Молдова должна была затем подписать международный договор, обязывающий ее исполнять закон о Приднестровье. Гарантами должны были стать Россия, Украина, ОБСЕ и, возможно, ЕС и США.
«План Ющенко» допускал прямое общение представителей мирового сообщества с ПМР без участия Молдавии. Документ не содержал требований вывода российского воинского контингента с территории ПМР, на котором настаивает Молдова.
22 июля 2005 года парламент Молдовы одобрил законопроект «О статусе Приднестровья». Согласно этому документу российские миротворцы должны были покинуть регион до 31 декабря 2006 года, а Приднестровье входит в состав Молдавии на правах автономии. Статус Приднестровья определен как «административно-территориальное образование в форме республики в составе Республики Молдавия».
В мае 2006 года были проведены консультации российского МИДа с президентами Приднестровья и Абхазии В июне 2006 года президент ПМР Игорь Смирнов заявил, что Приднестровье готово занять место Молдовы в составе СНГ в случае ее выхода из Содружества.
В июне 2006 года главы ПМР, Абхазии и Южной Осетии на саммите в Сухуми заключили «Договор о дружбе, сотрудничестве и взаимопомощи» и подписали «Декларацию о создании Сообщества за демократию и права народов», которые предполагали не только экономическое и политическое сотрудничество между республиками, но и создание коллективных миротворческих вооруженных сил, которые смогли бы заменить российских миротворцев и совместно отражать возможные силовые акции «малых метрополий» и попытки разрешения ситуации военным путем.
В июне 2006 года президент и МИД России объявили, что судьба непризнанных государств должна определяться волей их населения на основе права на самоопределение.
17 сентября 2006 года на территории ПМР был проведен референдум, на который было вынесено два вопроса: «Считаете ли вы возможным сохранение курса на международное признание Приднестровья и вхождение в состав России?» и «Считаете ли вы возможным вхождение Приднестровья в состав Молдавии?». Молдавия, ОБСЕ, Европейский Союз и ряд других международных организаций заранее объявили референдум незаконным и недемократичным
За независимость Приднестровской Молдавской республики (ПМР) и ее последующее свободное присоединение к Российской Федерации высказались 97 % граждан Приднестровья, принявших участие в референдуме. Против интеграции с Россией проголосовали 2,3 % избирателей. За отказ от курса на независимость ПМР и последующее вхождение республики в состав Молдавии высказалось 3,4 % граждан Приднестровья, а против такой интеграции высказались 94,6 % участников референдума, 2 % избирателей не смогли определиться с выбором. По официальным данным ЦИК Приднестровья, в референдуме 17 сентября 2006 года приняли участие 78,6 % граждан, имевших право голоса, или около 306 тысяч из 389 тысяч человек.