Еще в Германии Сергей Королев понял, что на основе "А-4 / V-2" можно сконструировать более совершенную ракету с дальностью до 600 км. Установив, что немецкий двигатель поддается форсированию по тяге, главный конструктор предложил пять вариантов нового летательного аппарата, один из которых был принят за основу. Предполагалось, что ракета, получившая обозначение "Р-2", будет аналогична "А-4", но с удлинением цилиндрической части на 1,9 м, которое даст увеличение емкости баков.
Несмотря на крайне сжатые сроки и высокую загруженность бюро, к концу 1946 года удалось подготовить полный комплект чертежей, пояснительную записку и даже изготовить три опытных образца "Р-2". В апреле 1947 года состоялась защита эскизного проекта. Серьезную озабоченность специалистов вызывал один вопрос: расчеты показывали, что удлиненная ракета будет просто разваливаться при возвращении в плотные слои атмосферы. Ссылаясь на работы основоположников по составным ракетам, Королев предложил сделать боеголовку отделяемой, чтобы она падала на цель самостоятельно. При этом он решил не дожидаться появления теоретических соображений на этот счет, а провести опытные отстрелы боеголовки на "Р-1" — так появилась ракета "Р-1А" ("аннушка").
В это время Королев пригласил к сотрудничеству академических ученых. Осенью 1947 года в Капустин Яр приехала группа физиков, подготовивших блоки с научной аппаратурой. Первые два запуска ракет с такими блоками прошли почти идеально. Узнав о проекте "Р-1А", физики обрадовались еще больше: теперь можно было точно измерить газовый состав и температуру верхних слоев атмосферы, не опасаясь помех, создаваемых продуктами горения топлива. Для научных исследований военные выделили восемь трофейных ракет "А-4", которые инженеры НИИ-88 полностью перебрали, установив механизм для отделения головной части. Седьмого мая 1949 года состоялся первый старт "аннушки"; отделившаяся головная часть упала в 210 км. Более или менее удачно провели еще три баллистических старта с отделением головной части. Затем последовали вертикальные запуски, при которых наконец-то была достигнута рекордная для советских ракетчиков высота 110 км.
Научные исследования на модифицированных ракетах "Р-1" проводились в течение семи лет. Правда, обозначались аппараты уже не "Р", а "В" (от "вертикаль"). Так, на основе "Р-1 А" были разработаны и летали "В-1А", "В-1Б", "В-1В", "В-1Д" и "В-1E", на основе "Р-2" — "В-2А", на основе "Р-5" — "В-5А".
Отделяемая головная часть давала возможность не только определить состав верхних слоев атмосферы, но и начать медико-биологические эксперименты по изучению влияния факторов ракетного полета на живые организмы. Двадцать восьмого августа 1950 года Сергей Королев утвердил техническое задание на разработку ракеты "В-1Б" и отделяемой герметичной кабины, в которой можно разместить подопытных животных. Но что это будут за животные? Как и следовало ожидать, между учеными возникли споры по этому поводу. Предлагали начать эксперименты с грызунов. Рассматривался вопрос об использовании обезьян — в США к тому времени на трофейных "А-4 / V-2" уже летали макаки-резусы. Однако у последних часто случались нервные срывы, поэтому ученые вынуждены были погружать обезьян в наркоз, что значительно снижало ценность результатов. После долгих дискуссий было решено: биологическим объектом для космических экспериментов станут собаки. Они хорошо поддаются тренировке и быстро привыкают к различным ограничениям.
Первый полет ракеты с собаками состоялся 22 июля 1951 года. В отделяемый отсек поместили псов Дезика и Цыгана, демонстрировавших спокойствие и хорошую выносливость. Запуск прошел успешно, ракета поднялась до высоты 101 км. Обе собаки нормально перенесли полет — никаких сдвигов в их физиологическом состоянии специалисты не обнаружили. Только Цыган немного пострадал: при ударе во время приземления погнулся край лотка и слегка повредил животному кожу на брюхе. Поэтому во время второго запуска 29 июля, который должен был зафиксировать успех и ответить на вопрос, остаются ли в организме следовые реакции на стресс, вместо него с Дезиком отправили Лису. Второй полет собак закончился их гибелью — парашют не раскрылся, кабина от удара разрушилась.
Запуски с собаками продолжались до сентября 1951 года и стали серьезным шагом на пути к пилотируемой космонавтике. Медики и биологи накопили изрядный материал, но главное — убедились, что полет с перегрузками и кратковременной невесомостью не представляет вреда для здоровья.
Тяжелые баллистические ракеты "Р-1" и "Р-2", созданные на основе трофейной техники, в принципе не могли развить космическую скорость. Зато они успешно доставляли на околоземную высоту отделяемый отсек массой до тонны. В принципе ничто не мешало разместить в таком отсеке пилота, который совершил бы суборбитальный полет.
Идея высотного "прыжка" возникла сразу после войны, когда советские конструкторы ознакомились с возможностями "А-4 / V-2". Соответствующий проект выдвинули Михаил Тихонравов и Николай Чернышев — соратники Сергея Королева по ГИРД. Наметки проекта, получившего обозначение "ВР-190" ("Победа"), были оформлены уже в середине 1945 года. Предлагалось доработать трофейную ракету и снабдить ее герметичной кабиной на двух пилотов, используя в качестве прототипов гондолы довоенных стратостатов. Главной задачей было изучить комплексное влияние вибрации, перегрузки и последующей невесомости на организм человека.
В проекте "ВР-190" Михаил Тихонравов впервые предложил решения, которые позже нашли применение в конструкции настоящих космических кораблей. При достижении вершины баллистической траектории кабина отделялась от ракеты при подрыве соединительных пироболтов, опускалась на парашюте и приземлялась с применением двигателей мягкой посадки, которые включались выдвигаемой электроконтактной штангой. В разреженной атмосфере, где никакие воздушные рули не годились, для стабилизации полета кабины применялись маленькие реактивные двигатели.
В 1946 году по материалам проекта было составлено техническое предложение, с которым Михаил Тихонравов выступил на коллегии Министерства авиационной промышленности. У него уже был на руках положительный отзыв Академии наук, однако министерство после обсуждения посчитало, что ракетные запуски — не дело авиаторов. Тогда авторы проекта обратились к Иосифу Сталину. Министру авиапрома пришлось подготовить докладную записку "О рассмотрении предложения Тихонравова и Чернышева о создании ракеты для полета человека на высоту 100–150 километров". Сталин положительно отозвался о проекте "ВР-190". Но и после этого работа не сдвинулась с мертвой точки, поскольку авторы и министерство долго не могли прийти к взаимопониманию. Проектом удалось заинтересовать главу Научно-исследовательского института № 4 Министерства обороны (НИИ-4 МО) Алексея Нестеренко — тот отнесся к затее с благосклонностью, и в том же 1946 году группа Тихонравова перебралась к нему под крыло.
Сначала работы над "ВР-190" шли по основному целевому назначению — обеспечению вертикального ракетного полета пилотов в верхние слои атмосферы. Однако вскоре вокруг проекта сложилась неблагоприятная обстановка, потому что он не соответствовал общей тематике института. Дело доходило до жалоб правительству. Даже Сергей Королев высказывался в кулуарах против "ВР-190". Учитывая ситуацию, руководство НИИ-4 поменяло направленность проекта: он получил название "Ракетный зонд" и с 1947 года был нацелен на изучение парашютных систем спасения отработавших ступеней и их головных частей в процессе испытаний. После принятия этих поправок проект получил положительную оценку НИИ-88, подписанную Королевым. Но сам Тихонравов потерял интерес к проекту и устранился от работ.
Отказ Сергея Королева поддержать "ВР-190" легко объясним. Главный конструктор терпеть не мог прожектерства и понимал, что до тех пор, пока баллистические ракеты не поставлены на поточное производство, планировать пилотируемый суборбитальный полет преждевременно. Кроме того, грузоподъемность "А-4" (и, значит, "ВР-190") не соответствовала амбициозной программе экспериментов. Время пилотируемых ракет пришло позже — когда сам Королев с коллегами взялся за реализацию проекта, получившего обозначение "Р-5".
Штаты НИИ-88 и подчиненного Королеву отдела № 3 очень быстро росли. К началу 1950 года в отделе трудилось уже 278 человек, а фронт работ резко расширился. Поэтому 26 апреля 1950 года было создано Особое конструкторское бюро № 1 (ОКБ-1). Одной из первых задач, поставленных перед его сотрудниками, стала разработка стратегической ракеты для доставки атомного заряда на расстояние свыше 1000 км. Немецкая компоновка, реализованная в ракетах "А-4", "Р-1" и "Р-2", не подходила для такого "изделия", и ее пришлось пересмотреть. В 1953 году, перед началом полигонных запусков, в филиале № 2 НИИ-88, расположенном в комплексе новых зданий под Загорском, провели огневые стендовые испытания с целью определения реальных температур компонентов топлива в баках ракеты, проверки двигательных систем, отработки циклограммы запуска. Впоследствии огневые испытания ("прожиги") узлов и элементов новых ракет в полном сборе на стенде стали обязательными.
Первый этап запусков ракеты "Р-5" на полигоне Капустин Яр был проведен весной 1953 года. Всего было испытано в полете 8 ракет: на дальность 270, 550 и 1200 км. Они были признаны успешными. Затем ОКБ-1 переориентировалось на модификацию "Р-5" — ракету "Р-5М". Дело в том, что 12 августа 1953 года в Семипалатинске было проведено успешное испытание первого отечественного термоядерного заряда РДС-6с мощностью 400 килотонн в тротиловом эквиваленте. Советским атомщикам удалось создать заряд сравнительно небольших размеров и массой примерно 1 т. Теперь предстояло под этот заряд построить баллистическую ракету.
Коллектив ОКБ-1 блестяще справился с задачей модернизации "Р-5". При этом был выдержан очень жесткий срок заводской отработки ракеты "Р-5М" — в течение 1954 года. Второго февраля 1956 года новые возможности ракеты подтвердил контрольный запуск "Р-5М", завершивший длительный цикл испытаний.